BỘ TÀI CHÍNH
--------

CỘNG HÒA XÃ HỘI CHỦ NGHĨA VIỆT NAM
Độc lập - Tự do - Hạnh phúc
----------------

Số: 1366/BTC-TCT
V/v hoàn thuế đối với các đơn vị xuất khẩu hàng hóa là nông, lâm, thủy sản xuất khẩu.

Hà Nội, ngày 03 tháng 02 năm 2012

Kínhgửi: Đồng chí Cục trưởng Cục Thuế các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương.

Bộ Tài chính đã ban hành Thông tưsố 129/2008/TT-BTC ngày 26/12/2008 hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Thuếgiá trị gia tăng và hướng dẫn thi hành Nghị định số 123/2008/NĐ-CP ngày08/12/2008 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điềucủa Luật Thuế giá trị gia tăng; Thông tư số 60/2007/TT-BTC ngày 14/6/2007 hướngdẫn thi hành một số điều của Luật Quản lý thuế và hướng dẫn thi hành Nghị địnhsố 85/2007/NĐ-CP ngày 25/5/2007 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành một sốđiều của Luật Quản lý thuế; Thông tư số 28/2011/TT-BTC hướng dẫn thi hành mộtsố điều của Luật Quản lý thuế, hướng dẫn thi hành Nghị định số 85/2007/NĐ-CPngày 25/5/2007 và Nghị định số 106/2010/NĐ-CP ngày 28/10/2010 của Chính phủ;Thông tư số 153/2010/TT-BTC ngày 28/9/2010 hướng dẫn thi hành Nghị định số 51/2010/NĐ-CP ngày 14/5/2010 của Chính phủ quy định về hóa đơn bán hàng hóa,cung ứng dịch vụ; Trong đó đã quy định về sử dụng hóa đơn chứng từ kê khai, nộpthuế GTGT đối với các đơn vị hạch toán phụ thuộc có trụ sở khác hoặc cùng địaphương (tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương) với trụ sở chính của doanhnghiệp. Sau một thời gian thực hiện, hướng dẫn trên đã giải quyết được nhiềuvướng mắc, bất cập trong việc kê khai, nộp thuế GTGT của các đơn vị, tạo điềukiện cho cơ quan thuế tăng cường quản lý thuế GTGT có hiệu quả. Thực tế quakiểm tra, báo cáo của Tổng cục Thuế, ở một số Cục Thuế trong quá trình áp dụnghóa đơn, chứng từ, kê khai nộp thuế GTGT đối với các đơn vị hạch toán phụ thuộccó trụ sở cùng địa phương với trụ sở chính của doanh nghiệp chưa đúng quy địnhtại điểm 1.2, Mục II, Phần B Thông tư số 60/2007/TT-BTC (đã được sửa đổi tạiThông tư số 28/2011/TT-BTC) dẫn đến tình trạng làm tăng số thuế GTGT được hoàncho doanh nghiệp, đặc biệt là số thuế GTGT hoàn cho hàng hóa nông, lâm, thủysản do các cơ sở hạch toán phụ thuộc mua của người bán không có hóa đơn GTGTđiều chuyển về cho doanh nghiệp để xuất khẩu. Để khắc phục tình trạng trên, BộTài chính yêu cầu đồng chí Cục trưởng Cục Thuế triển khai ngay các biện phápsau:

1. Tổ chức hướng dẫn việc thực hiệnhóa đơn, chứng từ, kê khai nộp thuế GTGT đối với các đối tượng là đơn vị hạchtoán phụ thuộc có trụ sở cùng địa phương với trụ sở chính của doanh nghiệp muốnđăng ký kê khai nộp thuế GTGT riêng theo phương pháp khấu trừ với Văn phòng trụsở chính của doanh nghiệp theo quy định tại điểm 1b, Điều 10 Thông tư số28/2011/TT-BTC như sau:

Điểm 1b, Điều 10 Thông tư số28/2011/TT-BTC hướng dẫn:

“Trách nhiệm nộp hồ sơ khai thuếgiá trị gia tăng cho cơ quan thuế:

a) Người nộp thuế nộp hồ sơ khaithuế giá trị gia tăng cho cơ quan thuế quản lý trực tiếp.

b) Trường hợp người nộp thuế cóđơn vị trực thuộc kinh doanh ở địa phương cấp tỉnh, thành phố trực thuộc trungương cùng nơi người nộp thuế có trụ sở chính thì người nộp thuế thực hiện khaithuế giá trị gia tăng chung cho cả đơn vị trực thuộc.

Nếu đơn vị trực thuộc có condấu, tài khoản tiền gửi ngân hàng, trực tiếp bán hàng hóa, dịch vụ, kê khai đầyđủ thuế giá trị gia tăng đầu vào, đầu ra có nhu cầu kê khai nộp thuế riêng phảiđăng ký nộp thuế riêng và sử dụng hóa đơn riêng”.

Như vậy quy định này chỉ áp dụngcho các đơn vị hạch toán phụ thuộc kê khai nộp thuế GTGT đối với hàng hóa, dịchvụ do đơn vị trực tiếp bán cho người mua ngoài doanh nghiệp. Khi xuất bán hànghóa, dịch vụ đơn vị sử dụng hóa đơn GTGT để tính thuế GTGT đầu ra, làm căn cứkê khai thuế GTGT đầu ra. Đối với hàng hóa điều chuyển về doanh nghiệp, đơn vịsử dụng phiếu xuất kho kiêm vận chuyển nội bộ, không tính và kê khai thuế GTGTđầu ra. Hàng hóa, dịch vụ do đơn vị mua vào nếu có hóa đơn GTGT theo đúng quyđịnh, sử dụng cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT của đơnvị thì được khấu trừ toàn bộ. Doanh nghiệp khi bán hàng hóa do đơn vị hạch toánphụ thuộc điều chuyển về phải sử dụng hóa đơn GTGT để tính thuế GTGT, kê khainộp thuế GTGT cho hàng hóa bán ra.

Quy định này cần hướng dẫn để kêkhai thuế GTGT tháng 01 năm 2012. Trường hợp các đơn vị đã sử dụng hóa đơn GTGTđể tính và kê khai thuế GTGT cho hàng hóa điều chuyển về doanh nghiệp thì hướngdẫn doanh nghiệp điều chỉnh lại hóa đơn, chứng từ, kê khai thuế theo hướng dẫntại điểm này.

2. Cục Thuế tổ chức kiểm tra năm2011 trở về trước đối với các đơn vị hạch toán phụ thuộc có trụ sở cùng địaphương (tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương) với trụ sở chính của doanhnghiệp, đã đăng ký, thực hiện kê khai nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ,có mua hàng hóa là nông, lâm, thủy sản của người bán không có hóa đơn GTGT điềuchuyển về doanh nghiệp để bán trong nước hoặc xuất khẩu (kể cả trường hợp muahàng hóa là nông, lâm, thủy sản về để làm nguyên liệu sản xuất, chế biến sau đóxuất điều chuyển về doanh nghiệp để bán hoặc để xuất khẩu), đã sử dụng hóa đơnGTGT khi xuất điều chuyển hàng hóa về doanh nghiệp và kê khai, nộp thuế GTGT đốivới hàng hóa điều chuyển nội bộ tại đơn vị hạch toán phụ thuộc không đúng quyđịnh để yêu cầu đơn vị thực hiện điều chỉnh lại cho đúng chế độ quy định vềviệc sử dụng hóa đơn, chứng từ, kê khai, nộp thuế và hoàn thuế GTGT tại các đơnvị này từ năm 2011 trở về trước theo hướng dẫn tại điểm 1 công văn này. Trườnghợp sau khi điều chỉnh lại các đơn vị phát sinh số thuế GTGT phải nộp ít hơn sốthuế đã kê khai, dẫn đến đơn vị nộp thừa ngân sách thì số thuế nộp thừa đượckết chuyển bù trừ vào số thuế GTGT phát sinh phải nộp của các kỳ tiếp theo. Nếuđơn vị đề nghị hoàn trả trực tiếp từ ngân sách thì xử lý theo đúng quy địnhhiện hành.

Căn cứ kết quả điều chỉnh lại chohàng hóa xuất điều chuyển nội bộ về doanh nghiệp thì yêu cầu các doanh nghiệpđiều chỉnh kê khai lại thuế GTGT các tháng kê khai thuế GTGT có liên quan, đểxác định lại số thuế GTGT phải nộp hoặc được hoàn. Trường hợp năm 2011 trở vềtrước các doanh nghiệp đã được hoàn thuế GTGT, nếu số thuế GTGT được hoàn xácđịnh lại của các hồ sơ hoàn thuế nhỏ hơn số thuế đã hoàn cho doanh nghiệp, hoặckhông phát sinh hoàn thì Cục Thuế thực hiện truy hoàn số thuế đã hoàn kịp thờivào quỹ hoàn thuế của Ngân sách trung ương. Số thuế GTGT phải truy hoàn làchênh lệch giữa số thuế GTGT đã hoàn trừ (-) số thuế GTGT được hoàn sau khi xácđịnh lại. Trường hợp trong kỳ hoàn thuế, nếu xác định lại doanh nghiệp phátsinh số thuế GTGT phải nộp thì truy hoàn toàn bộ số thuế GTGT đã hoàn cho doanhnghiệp.

Cục Thuế cần kiểm tra, xử lý truythu đối với số thuế GTGT đã kê khai, nộp và hoàn không đúng quy định này chậmnhất là ngày 30/3/2012.

3. Cục Thuế tổng hợp báo cáo kếtquả xử lý các trường hợp nêu tại điểm 2 công văn này về Bộ Tài chính (Tổng cụcThuế) trước ngày 15/4/2012.

Báo cáo rõ số lượng các doanhnghiệp trên địa bàn, tổng số thuế GTGT phải truy hoàn, chi tiết đến từng doanhnghiệp, mặt hàng nông, lâm, thủy sản.

Bộ Tài chính yêu cầu các Cục Thuếthực hiện nghiêm túc, kịp thời theo hướng dẫn tại công văn này và chịu tráchnhiệm trước Bộ Tài chính về kết quả xử lý các trường hợp theo hướng dẫn tạicông văn này./.

Nơi nhận:
- Như trên;
- Bộ trưởng Vương Đình Huệ (để b/c);
- Các đồng chí Thứ trưởng BTC (để b/c);
- Sở Tài chính, KBNN các tỉnh, TP trực thuộc Trung ương;
- Vụ CS, KK, Ttra, KTNB-TCT;
- Lưu: VT, TCT (VT, PC (2B)).

TUQ. BỘ TRƯỞNG
TỔNG CỤC TRƯỞNG TỔNG CỤC THUẾ




Bùi Văn Nam