Trả lời:
Chào bạn, vấn đề bạn quan tâm xin được trao đổi như sau:

Theo như bạn nói thì tại Thông tư 53/2007/TT-BTC quy định về mức thu như trên đó là mức thu đối với trường hợp thi sát hạch. Còn trường hợp bạn đi học nâng bằng từ B2 lên D thì bạn phải đóng một khoản khác nữa.
 
Cụ thể là theo thông tư 26/2007/TT-BTCngày 03/4/2007 hướng dẫn về mức thu học phí, quản lý và sử dụng học phí đào tạo lái xe cơ giới đường bộ có quy định như sau: Mức thu chuyển cấp từ B2 lên D như sau: Học Luật giao thông đường bộ.
- Học các môn cơ sở;
- Học kỹ thuật lái xe và thực hành Cộng 100.000 150.000 1.900.000 2.150.000 Như vậy, theo quy định cả hai thông tư trên thì chi phí nâng từ bằng B2 lên D thì tổng phải nộp khoản thi và khoản học phí là 2.500.000 đồng.

Về trường hợp bạn nói có trường tính chi phí nâng bằng B2 lên D là 4.000.000đ có thể là họ tính cả tiền cho mượn xe để tập hoặc các chi phí khác.
Về văn bản pháp luật bạn đưa tra khi kiểm tra trên hệ thống:
http://vanban.luatminhkhue.vn/ Chúng tôi nhận thấy có một số văn bản thay thế, bổ sung mới xin giới thiệu để bạn tham khảo thêm:
Hy vọng đã giải quyết được phần nào vướng mắc của bạn. Mọi vướng mắc xin vui lòng trao đổi trực tiếp với đội ngũ luật sư của Chúng tôi.
Trân trọng./.
Bộ phận tư vấn pháp luật giao thông - Công ty luật Minh KHuê