Luật sư trả lời:

1. Cơ sở pháp lý

- Thông tư 83/2014/TT-BTC 

2. Nội dung tư vấn

Căn cứ phụ lục thông tư 83/2014/TT-BTC thì mặt hàng đậu tương có thuế suất như sau:

Mã hàng

Mô tả hàng hóa

Thuế suất (%)

 

 

 

12.01

Đậu tương, đã hoặc chưa vỡ mảnh.

 

1201.10.00

- Hạt giống

*

1201.90.00

- Loại khác

*,5

Khoản 2 Điều 3 Thông tư 83/2014/TT_BTC hướng dẫn áp dụng biểu thuế như sau: 

a) Ký hiệu (*) tại cột thuế suất trong Biểu thuế giá trị gia tăng quy định cho các mặt hàng thuộc đối tượng không chịu thuế giá trị gia tăng.

c) Ký hiệu (*,5) tại cột thuế suất trong Biểu thuế giá trị gia tăng quy định cho các mặt hàng là đối tượng không chịu thuế giá trị gia tăng ở khâu tự sản xuất, đánh bắt bán ra, ở khâu nhập khẩu và áp dụng mức thuế suất thuế giá trị gia tăng là 5% ở khâu kinh doanh thương mại, trừ các trường hợp được nêu tại điểm b khoản 3 Điều 4 Thông tư này.

Căn cứ điểm b khoản 3 Điều 4 thông tư 83/2014/TT-BTC:

3. Thuế suất thuế giá trị gia tăng đối với sản phẩm trồng trọt (các sản phẩm cây trồng, sản phẩm từ cây trồng); sản phẩm chăn nuôi (sản phẩm vật nuôi, sản phẩm từ vật nuôi, bao gồm cả nội tạng và phụ phẩm thu được sau giết mổ khác của động vật); lâm sản, thủy sản, hải sản (có nguồn gốc tự nhiên và nuôi trồng) tại các chương 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 18 của Biểu thuế giá trị gia tăng ban hành kèm theo Thông tư này thực hiện như sau:

b) Thuế suất thuế giá trị gia tăng đối với sản phẩm trồng trọt, chăn nuôi, thuỷ sản, hải sản chưa chế biến thành các sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường, thực phẩm tươi sống, ở khâu kinh doanh thương mại áp dụng như sau:

b.1) Doanh nghiệp, hợp tác xã nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ bán sản phẩm trồng trọt, chăn nuôi, thuỷ sản, hải sản chưa chế biến thành các sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường, thực phẩm tươi sống cho doanh nghiệp, hợp tác xã ở khâu kinh doanh thương mại không phải kê khai, tính nộp thuế giá trị gia tăng. Trên hoá đơn giá trị gia tăng, ghi dòng giá bán là giá không có thuế giá trị gia tăng, dòng thuế suất và thuế giá trị gia tăng không ghi, gạch bỏ.

...

b.2) Hộ, cá nhân kinh doanh, doanh nghiệp, hợp tác xã và tổ chức kinh tế khác nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp tính trực tiếp trên giá trị gia tăng khi bán sản phẩm trồng trọt, chăn nuôi, thuỷ sản, hải sản nuôi trồng, đánh bắt chưa chế biến thành các sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường, thực phẩm tươi sống ở khâu kinh doanh thương mại thì kê khai, tính nộp thuế giá trị gia tăng theo tỷ lệ 1% trên doanh thu.

Như vậy, trường hợp của công ty bạn được xác định như sau:

* Khi nhập khẩu mặt hàng đậu tương là hạt giống mã HS 1201.10.00 thì thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT, khi bán mặt hàng này ra cũng thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT

* Khi nhập khẩu mặt hàng đậu tương không phải hạt giống, mã HS 1201.90.00 thì:

- Khi nhập khẩu: Thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT

- Khi bán ra ở khâu kinh doanh thương mại:
+ Nếu công ty bạn tính thuế GTGT theo phương pháp trực tiếp: Tính thuế GTGT theo tỷ lệ 1% trên doanh thu

+ Nếu công ty bạn tính thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ: 

++ Nếu công ty bạn bán cho doanh nghiệp, hợp tác xã:  Thuộc đối tượng không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT.

++ Nếu công ty bạn bán cho hộ kinh doanh, cá nhân, tổ chức khác không phải là doanh nghiệp thì tính thuế GTGT theo thuế suất 5%.

Nếu còn vướng mắc, chưa rõ hoặc cần hỗ trợ pháp lý khác bạn vui lòng liên hệ bộ phận tư vấn pháp luật trực tuyến qua tổng đài điện thoại số: 1900.6162 để được giải đáp.

Trân trọng./.

Bộ phận tư vấn pháp luật Thuế - Công ty luật Minh Khuê