Thẩm quyền cho ý kiến tư vấn của Tòa ITLOS được chia làm hai loại:

+ Thẩm quyền của Viện giải quyết tranh chấp đáy biển (Seabed Dispute Chamber –SDC);

+ Thẩm quyền của toàn thể Tòa ITLOS.

1. Điều kiện áp dụng thẩm quyền 

- Đối với thẩm quyền của Viện giải quyết tranh chấp đáy biển (Seabed Dispute Chamber – SDC):

SDC có thẩm quyền cho ý kiến tư vấn theo yêu cầu của Đại hội đồng hoặc Hội đồng của Cơ quan Quyền lực Đáy biển Quốc tế (ISA) về các câu hỏi pháp lý nằm trong phạm vi hoạt động của hai cơ quan này. Yêu cầu xin ý kiến tư vấn cần được ưu tiên giải quyết trước các vụ việc tranh chấp. 

- Đối với thẩm quyền của toàn thể Tòa ITLOS:

Thẩm quyền của ITLOS được quy định tại một số điều của UNCLOS sau đây:

  • Điều 21 Phụ lục VI: “Toà án có thẩm quyền đối với tất cả các vụ tranh chấp và tất cả các yêu cầu được đưa ra Toà theo đúng Công ước, và đối với tất cả các trường hợp được trù định rõ trong mọi thoả thuận khác, giao thẩm quyền cho Toà án”.
  • Điều 288 “Một Tòa án đã nêu ở Điều 287 (trong đó có ITLOS) có thẩm quyền xét xử bất kỳ tranh chấp nào liên quan đến việc giải thích hay áp dụng Công ước đã được đưa ra cho mình theo đúng phần này”.

Có thể nói, ITLOS có thẩm quyền trong việc giải quyết tất cả các vụ tranh chấp, ngoài ra Tòa ITLOS còn có thẩm quyền đối với “tất cả các yêu cầu” (theo đúng Công ước) và với “tất cả các trường hợp được trù định rõ trong mọi thỏa thuận khác”. Cụm từ “các trường hợp” trong Điều 21 Phụ lục VI ám chỉ thẩm quyền của ITLOS không những đối với các tranh tụng pháp lý mà còn đối với "các trường hợp khác" trong đó có những yêu cầu tư vấn pháp lý. Như vậy, Điều 21 Phụ lục VI có thể được hiểu rằng ITLOS có thẩm quyền đưa ra ý kiến tư vấn nếu như thẩm quyền tư vấn này được “trù định rõ ràng trong thỏa thuận khác”. Vì vậy, Điều 21 Phụ lục VI được xem là đã mở rộng thêm chức năng của ITLOS. Toà cho rằng Điều 288 của UNCLOS và Điều 21 của Phụ lục VI trong UNCLOS có giá trị pháp lý tương đương nhau. 

- Những điều kiện khác cần thỏa mãn để ITLOS có thẩm quyền đưa ra ý kiến tư vấn:

Điều 138 Quy chế ITLOS quy định: “Tòa án có thể đưa ra ý kiến tư vấn đối với một câu hỏi pháp lý nếu như một điều ước quốc tế liên quan đến các mục đích của Công ước quy định cụ thể việc cho phép đệ trình lên Tòa án một yêu cầu tư vấn đối với câu hỏi đó”.

Như vậy, thẩm quyền tư vấn pháp lý của ITLOS đầu tiên phải được nêu rõ trong một điều ước quốc tế giữa chủ thể của luật quốc tế.

Thứ nhất, điều ước quốc tế được này phải phù hợp với Công ước Viên 1969 về Luật Điều ước Quốc tế. 

Thứ hai, điều ước quốc tế này cần phải có nội dung phù hợp với mục đích của UNCLOS. Nhiệm vụ này sau đó đã được truyền tải trong Lời nói đầu của Công ước: Công ước với sự quan tâm đúng mức đến chủ quyền của tất cả các quốc gia, thiết lập được một trật tự pháp lý trên các vùng biển và đại dương giúp cho việc sử dụng công bằng và hiệu quả những tài nguyên, việc bảo tồn những nguồn lợi sinh vật của các biển và các đại dương, việc nghiên cứu, bảo vệ và gìn giữ môi trường biển dễ dàng hơn. Việc thực hiện các mục tiêu này sẽ góp phần thiết lập nên một trật tự kinh tế quốc tế đúng đắn và công bằng, trong đó có tính đến các lợi ích và nhu cầu của toàn thể loài người và đặc biệt là các lợi ích và nhu cầu riêng của các nước đang phát triển, dù có biển hay không có biển.

Thứ ba, điều ước quốc tế nói trên phải quy định rõ ràng về việc cho phép đệ trình yêu cầu tư vấn lên ITLOS trong các điều khoản của mình. Điều khoản này sẽ chỉ định một cơ quan được thành lập dựa trên chính hiệp định có thẩm quyền gửi yêu cầu tư vấn pháp lý đến ITLOS. Tính hợp pháp của việc một cơ quan có khả năng chuyển yêu cầu tư vấn được dựa trên thẩm quyền được trao theo hiệp định mà không bị ảnh hưởng.

Thứ tư, các bên cần phải trình bày rõ “câu hỏi pháp lý” trong hồ sơ yêu cầu tư vấn của mình. Các câu hỏi này cần được trình bày dưới dạng các câu hỏi mang bản chất pháp lý (legal nature). Thẩm quyền tư vấn pháp lý của Toà án quốc tế nói chung và của ITLOS nói riêng không phải nhằm mục đích giải quyết các tranh chấp giữa các quốc gia; do đó, các câu hỏi này cần mang tính chất lý thuyết pháp lý trừu tượng nhiều hơn là giải quyết các thực tế tranh chấp. Bên cạnh đó, câu hỏi về luật quốc tế đệ trình lên ITLOS phải được diễn đạt một cách khái quát và có nội dung thuộc phạm vi điều chỉnh của điều ước quốc tế có quy định yêu cầu Tòa cho ý kiến tư vấn. Mặc dù không được quy định rõ ràng nhưng câu hỏi pháp lý đó phải nằm ngoài thẩm quyền giải quyết của SDC, tức các hoạt động của Chế độ Đáy biển quốc tế (International Seabed Regime). Bởi lẽ, theo Công ước, SDC có thẩm quyền độc quyền về việc giải đáp các vấn đề này.

2. Sự khác nhau giữa thẩm quyền tư vấn pháp lý của ICJ và ITLOS

Thứ nhất, mục đích và chuyên môn của ITLOS liên quan mật thiết đến Luật biển quốc tế hơn ICJ. Cụ thể, ICJ có thẩm quyền giải quyết tất cả tranh chấp và vấn đề được đệ trình, trong khi đó ITLOS là Tòa án quốc tế chuyên biệt được thành lập để giải quyết “tất cả các vụ tranh chấp và tất cả các yêu cầu được đưa ra Toà án theo đúng Công ước (Luật biển)”.

Thứ hai, quy trình yêu cầu tư vấn của ITLOS trong một chừng mực nào đó có thể nói là đơn giản hơn thủ tục của ICJ. Theo quy định tại Điều 96 Hiến chương LHQ, ICJ chỉ có thẩm quyền cho ý kiến tư vấn đối với các câu hỏi pháp lý của Đại hội đồng hoặc Hội đồng bảo an LHQ hoặc các câu hỏi pháp lý của các tổ chức chuyên môn khác của LHQ liên quan đến hoạt động của tổ chức này và trên cơ sở chấp thuận của Đại hội đồng. Trong trường hợp đưa vấn đề này ra Hội đồng bảo an, việc thông qua nghị quyết về việc yêu cầu ICJ cho ý kiến tư vấn sẽ phải thực hiện theo quy định của Điều 27 Hiến chương LHQ. Theo đó, trước hết Hội đồng bảo an sẽ xem xét đây là “vấn đề thủ tục” hay là “vấn đề khác” theo quy định tại Điều 27. Việc đưa ra quyết định về vấn đề này sẽ được thông qua nếu không nước thành viên thường trực nào của Hội đồng bảo an sử dụng quyền phủ quyết. 

Trong khi đó, ITLOS có thể cho ý kiến tư vấn đối với một câu hỏi pháp lý được các quốc gia thống nhất đưa lên Tòa án trên cơ sở một điều ước quốc tế nội dung phù hợp với mục đích của UNCLOS. Trong điều ước quốc tế này, các quốc gia thành viên cần nêu rõ việc đề nghị ITLOS cho ý kiến tư vấn và cử một "đại diện" để đệ trình yêu cầu lên Toà án.

Thứ ba, thời gian giải quyết yêu cầu tư vấn của ITLOS có thể ngắn hơn so với ICJ vì ICJ có thẩm quyền rộng hơn nên tiếp nhận số lượng vụ việc nhiều hơn ITLOS.

3. Thực tiễn việc thực hiện thẩm quyền cho ý kiến tư vấn 

3.1. Trường hợp yêu cầu ý kiến tư vấn do Ủy ban Thủy sản Tiểu vùng (SRFC) đệ trình

Ủy ban nghề cá tiểu vùng là một tổ chức nghề cá khu vực bao gồm bảy quốc gia thành viên: Cabo Verde, Gambia, Guinea, Guinea-Bissau, Mauritania, Senegal và Sierra Leone. Trong phiên họp thứ mười bốn (27-28 tháng 3 năm 2013), Hội nghị các Bộ trưởng của Ủy ban Thủy sản Tiểu vùng đã thông qua nghị quyết do Ủy ban này quyết định, phù hợp với Điều 33 của Công ước về Xác định các Điều kiện Tối thiểu để Tiếp cận và Khai thác. Tài nguyên biển trong các khu vực biển thuộc quyền tài phán của các quốc gia thành viên của Ủy ban nghề cá tiểu vùng, năm 2012, ủy quyền cho Thư ký thường trực của Ủy ban nắm giữ Tòa án để lấy ý kiến ​​tư vấn về các vấn đề sau:

(1) Quốc gia treo cờ có nghĩa vụ gì trong trường hợp các hoạt động đánh bắt bất hợp pháp, không được báo cáo và không được kiểm soát được tiến hành trong vùng đặc quyền kinh tế của các Quốc gia bên thứ ba?

(2) Quốc gia treo cờ phải chịu trách nhiệm pháp lý ở mức độ nào đối với các hoạt động đánh bắt bất hợp pháp, không được báo cáo và không được kiểm soát do các tàu đi dưới cờ của quốc gia đó thực hiện?

(3) Trường hợp giấy phép đánh bắt được cấp cho tàu trong khuôn khổ thỏa thuận quốc tế với Quốc gia treo cờ hoặc với cơ quan quốc tế, thì Quốc gia hoặc cơ quan quốc tế phải chịu trách nhiệm pháp lý về việc vi phạm luật thủy sản của Quốc gia ven biển bằng tàu được đề cập

(4) Quốc gia ven biển có quyền và nghĩa vụ gì trong việc đảm bảo quản lý bền vững các nguồn nuôi chung và các nguồn lợi ích chung, đặc biệt là các loài cá nổi nhỏ và cá ngừ?

Các yêu cầu đã được nhận bởi Tòa án vào ngày 28 tháng ba năm 2013.

3.2. Thẩm quyền tư vấn của Tòa trong vụ việc được tạo nên bởi các cơ sở sau

Thứ nhất, các vấn đề xin ý kiến tư vấn là các câu hỏi pháp lý không nhằm để giải quyết thực tế một tranh chấp cụ thể nào và có tính chất lý thuyết pháp lý. Đồng thời, những vấn đề này là vấn đề không thuộc thẩm quyền giải quyết của của Chế độ Đáy biển quốc tế

Thứ hai, vấn đề này đề cập đến các hành vi đánh bắt bất hợp pháp (IUU) và trách nhiệm của quốc gia treo cờ cũng như quốc gia ven biển trong việc ngăn chặn cũng như quản lý môi trường biển nói chung. Điều này không chỉ phù hợp với Công ước viên 1969 mà còn góp phần thiết lập được một trật tự pháp lý trên các vùng biển và đại dương giúp cho việc sử dụng công bằng và hiệu quả những tài nguyên, việc bảo tồn những nguồn lợi sinh vật của các biển và các đại dương.

3.3. Ý kiến tư vấn của tòa

Liên quan đến "đánh bắt cá không được kiểm soát" như được đề cập trong điều 2, đoạn 4.3, của Công ước MCA, Tòa án mong muốn chỉ ra rằng, phù hợp với Công ước, việc Quốc gia ven biển thông qua bảo tồnvà các biện pháp quản lý đối với tất cả các nguồn sống trong vùng đặc quyền kinh tế của nó là bắt buộc. Quốc gia ven biển có quyền thông qua các luật và quy định cần thiết, bao gồm các thủ tục để bảo tồn và quản lý các tài nguyên sống trong vùng đặc quyền kinh tế của mình

Để đảm bảo tuân thủ luật pháp và quy định của mình liên quan đến các biện pháp bảo tồn và quản lý các nguồn tài nguyên sống theo điều 73, khoản 1, của Công ước, Quốc gia ven biển có thể thực hiện các biện pháp đó, bao gồm: kiểm tra, bắt giữ và các thủ tục xét xử, nếu có thể cần thiết để đảm bảo tuân thủ các luật và quy định được áp dụng trong sự phù hợp với Công ước.

Các khu vực của các Quốc gia Thành viên khác phải tham khảo ý kiến ​​của nhau khi thiết lập các biện pháp quản lý đối với các nguồn dự trữ được chia sẻ đó để điều phối và đảm bảo việc bảo tồn và phát triển các nguồn dự trữ đó. Tòa đã đưa ra các biện pháp quản lý phù hợp.