BỘ TÀI CHÍNH
--------

CỘNG HÒA XÃ HỘI CHỦ NGHĨA VIỆT NAM
Độc lập - Tự do - Hạnh phúc
---------------

Số: 99/2016/TT-BTC

Hà Nội, ngày 29 tháng 6 năm 2016

THÔNG TƯ

HƯỚNG DẪN VỀ QUẢN LÝ HOÀN THUẾ GIÁ TRỊ GIATĂNG

Căn cứ Luật Quản lý thuế số 78/2006/QH11 ngày 29/11/2006; Luật số 21/2012/QH13 sửa đổi, bổ sung một số điềucủa Luật Quản lý thuế ngày 20/11/2012; Luật sửa đổi, bổ sung một số điều củacác Luật về thuế số 71/2014/QH13 ngày 26/11/2014 và các văn bản hướng dẫn thihành;

Căn cứ Luật Thuế giá trị giatăng số 13/2008/QH12 ngày 03/6/2008; Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của LuậtThuế giá trị gia tăng số 31/2013/QH13 ngày 19/6/2013; Luật sửa đổi, bổ sung mộtsố điều của Luật thuế giá trị gia tăng, Luật thuế tiêu thụ đặc biệt và Luật Quảnlý thuế số 106/2016/QH13 ngày 06/4/2016 và các văn bản hướng dẫn thi hành;

Căn cứ Luật Ngân sách nhà nướcsố 83/2015/QH13 ngày 25/6/2015 và các văn bản hướng dẫn thi hành;

Căn cứ Nghị định số 215/2013/NĐ-CP ngày 23/12/2013 của Chính phủ quy định chức năng, nhiệm vụ, quyềnhạn và cơ cấu tổ chức của Bộ Tài chính;

Theo đề nghị của Tổng cục trưởngTổng cục Thuế.

Bộ trưởng Bộ Tài chính ban hànhThông tư hướng dẫn về quản lý hoàn thuế giá trị gia tăng.

Chương I

QUY ĐỊNH CHUNG

Điều 1. Phạm vi điều chỉnh

1. Thông tư này hướng dẫn về việc quản lý hoànthuế giá trị gia tăng của người nộp thuế thuộc cơ quan thuế quản lý theo quy địnhcủa Luật Ngân sách Nhà nước, Luật Thuế giá trị gia tăng, Luật Quản lý thuế vàcác văn bản hướng dẫn thi hành; bao gồm: việc tiếp nhận, giải quyết, kiểm tra,thanh tra hoàn thuế giá trị gia tăng; quản lý kinh phí dự toán hoàn thuế giá trịgia tăng; trách nhiệm của các cơ quan, tổ chức, cá nhân có liên quan trong việcquản lý hoàn thuế giá trị gia tăng.

2. Hoàn thuế cho hàng hóa của người nước ngoài,người Việt Nam định cư ở nước ngoài mang theo khi xuất cảnh thực hiện theo hướngdẫn tại Thông tư số 72/2014/TT-BTC ngày 30/5/2014 của Bộ Tài chính.

3. Hoàn trả số tiền thuế giá trị gia tăng nộp nhầm,nộp thừa thực hiện theo quy định tại Điều 47 Luật quản lý thuế số 78/2006/QH11và đã được sửa đổi, bổ sung tại Khoản 13 Điều 1 Luật quản lý thuế số21/2012/QH13 sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật quản lý thuế và các văn bảnhướng dẫn thi hành.

Điều 2. Đối tượng áp dụng

1. Người nộp thuế được hoàn thuế giátrị gia tăng theo quy định của Luật Thuế giátrị gia tăng.

2. Cơ quan quản lý thuế gồm:

a) Tổng cục Thuế, Cục Thuế, Chi cục Thuế;

b) Tổng cục Hải quan, Cục Hải quan, Chi cục Hảiquan.

3. Vụ Ngân sách nhà nước - Bộ Tài chính.

4. Kho bạc nhà nước, Kho bạc nhà nước cấp tỉnh,thành phố trực thuộc Trung ương, Kho bạc nhà nước cấp quận, huyện, thị xã,thành phố trực thuộc tỉnh.

5. Cơ quan nhà nước, tổ chức, cánhân khác liên quan đến việc quản lý hoàn thuế giátrị gia tăng.

Điều 3. Nguyên tắc quản lýhoàn thuế giá trị gia tăng

1. Người nộp thuế thuộc trường hợp được hoàn thuếtheo quy định tại Luật Thuế giá trị gia tăng tự xác định số tiền thuế giá trịgia tăng đủ điều kiện khấu trừ, hoàn thuế, khai đề nghị hoàn thuế, lập và gửi hồsơ đề nghị hoàn thuế đến cơ quan thuế quản lý trực tiếp.

2. Việc giải quyết hoàn thuế được thực hiện theođúng quy định của pháp luật, theo trình tự, thủ tục quy định tại Điều 59 LuậtQuản lý thuế số 78/2006/QH11 ngày 29/11/2006 (sau đây gọi là Luật quản lý thuếsố 78/2006/QH11) và khoản 18 Điều 1 Luật quản lý thuế số 21/2012/QH13 ngày20/11/2012 sửa đổi, bổ sung một số Điều của Luật Quản lý thuế (sau đây gọi làLuật quản lý thuế số 21/2012/QH13) và các văn bản hướng dẫn thi hành.

3. Áp dụng nguyên tắc quản lý rủiro trong việc giải quyết hoàn thuế giá trị gia tăng theo quy định tạikhoản 1 Điều 1 Luật quản lý thuế số 21/2012/QH13; Khoản 2 Điều 1 Luật sửa đổi,bổ sung một số điều của Luật thuế giá trị gia tăng, Luật thuế tiêu thụ đặc biệtvà Luật quản lý thuế số 106/2016/QH13 ngày 06/4/2016(sau đây gọi là Luậtsố 106/2016/QH13) và các văn bản hướng dẫn thi hành.

4. Cơ quan thuế ứng dụng công nghệthông tin theo quy định của pháp luật về giao dịch điện tử trong việc tiếp nhận, giải quyết, quản lý hoàn thuếgiá trị gia tăng và thực hiện kết nối, trao đổi thông tin với các cơquan có liên quan trong việc giải quyết hoàn thuế cho người nộp thuế.

Điều 4. Kinh phí hoàn thuếgiá trị gia tăng

1. Kinh phí hoàn thuế giá trị gia tăng được bốtrí trong dự toán ngân sách hàng năm do Quốc hội quyết định.

2. Tổng cục trưởng Tổng cục Thuế quản lý kinhphí hoàn thuế giá trị gia tăng và điều hành chi hoàn thuế giá trị gia tăngtrong phạm vi dự toán ngân sách đã được cấp có thẩm quyền phê duyệt.

3. Cục trưởng Cục Thuế quản lý, sử dụng kinh phíhoàn thuế giá trị gia tăng để chi hoàn cho người nộp thuế theo thẩm quyền và chịutrách nhiệm về việc ra quyết định hoàn thuế theo quy định của pháp luật.

Điều 5. Cơ sở dữ liệu và ứngdụng công nghệ thông tin trong quản lý hoàn thuế giá trị gia tăng

1. Cơ sở dữ liệu hoàn thuế giá trị gia tăng là hệthống dữ liệu thông tin về người nộp thuế thuộc đối tượng hoàn thuế giá trị giatăng, là một cấu phần trong hệ thống cơ sở dữ liệu quản lý thuế chung của ngànhthuế. Việc xây dựng, thu thập, xử lý, sử dụng, chia sẻ, lưu trữ, bảo mật thôngtin của cơ sở dữ liệu hoàn thuế giá trị gia tăng được thực hiện theo quy định củapháp luật hiện hành.

2. Cơ quan thuế ứng dụng công nghệ thông tintrong việc thực hiện quản lý hoàn thuế giá trị gia tăng, bao gồm: tiếp nhận, giảiquyết hồ sơ hoàn thuế, thông báo kết quả giải quyết hồ sơ hoàn thuế, trao đổithông tin với các cơ quan liên quan trong giải quyết hoàn thuế giá trị giatăng.

Điều 6. Áp dụngquản lý rủi ro trong quản lý hoàn thuế giá trị gia tăng

1. Việc đánh giá rủi ro trongquản lý hoàn thuế giá trị gia tăng được thực hiện theo quy định của khoản 1 Điều1 Luật quản lý thuế số 21/2012/QH13; Thông tư số 204/2015/TT-BTC ngày 21/12/2015của Bộ Tài chính quy định về áp dụng quản lý rủi ro trong quản lý thuế (sau đâygọi là Thông tư số 204/2015/TT-BTC)

2. Quản lý rủi ro trong quảnlý hoàn thuế giá trị gia tăng

a) Phân loại hồ sơ giải quyếthoàn thuế bao gồm: hồ sơ hoàn thuế thuộc diện hoàn thuế trước, kiểmtra sau và hồ sơ hoàn thuế thuộc diện kiểm tra trước, hoàn thuế sau theoquy định tại khoản 1 Điều 1 Luật quản lý thuế số 21/2012/QH13, khoản 3 Điều 1Luật số 106/2016/QH13; Cơ quan thuế thực hiện kiểm tra trước hoàn thuế sau đốivới hồ sơ đề nghị hoàn thuế thuộc đối tượng rủi ro cao.

b) Xây dựng kế hoạch kiểm tra, thanh tra sauhoàn thuế giá trị gia tăng theo quy định tại khoản 18 Điều 1 Luật quản lý thuếsố 21/2012/QH13, khoản 4 Điều 41 Nghị định số 83/2013/NĐ-CP : kiểm tra sau hoànthuế được thực hiện theo nguyên tắc quản lý rủi ro trong thời hạn mười năm, kểtừ ngày có quyết định hoàn thuế.

Điều 7. Áp dụngbiện pháp nghiệp vụ hải quan đối với một số trường hợp rủi ro cao về thuế

1. Cơ quan hải quan có trách nhiệmcung cấp thông tin Tờ khai hải quan và các thông tin có liên quan cho cơ quanthuế qua Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Hải quan theo Quy chế trao đổithông tin và phối hợp công tác giữa cơ quan hải quan và cơ quan thuế. Cơ quan hảiquan chịu trách nhiệm về thông tin hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu trên Tờ khai hảiquan theo quy định về pháp luật hải quan và pháp luật về quản lý thuế.

Trường hợp Tờ khai hải quan khôngcó trên cơ sở dữ liệu của cơ quan hải quan cung cấp, cơquan thuế có văn bản đề nghị cơ quan hải quan có liên quan cung cấp để có căn cứgiải quyết hoàn thuế giá trị gia tăng cho người nộp thuế.

2. Trên cơ sở kết quả phân tích,đánh giá rủi ro, yêu cầu về quản lý hoàn thuế giá trị gia tăng hoặc qua kiểmtra, phát hiện có dấu hiệu vi phạm pháp luật về thuế, hải quan, cơ quan thuế cótrách nhiệm cung cấp thông tin vi phạm của người nộp thuế cho cơ quan hải quanđể thực hiện việc kiểm tra, giám sát hải quan theo quy định.

Tổng cục Thuếđịnh kỳ hàng quý vào ngày 20 tháng sau liền kề hoặc đột xuấttrong trường hợp cần thiết gửi văn bản đề nghị Tổng cục Hải quan áp dụng tiêuchí phân luồng để thực hiện kiểm tra, giám sát đối với hàng hóa xuất khẩu, nhậpkhẩu thuộc diện rủi ro cao về hoàn thuế. Văn bản đề nghị phải nêu rõ tiêu chíxác định và phương thức kiểm tra, giám sát hàng hóa xuất nhập khẩu đối vớidoanh nghiệp; mặt hàng; địa bàn, lĩnh vực hoạt động xuất khẩu, nhập khẩu phù hợpvới quy định của Luật hải quan.

Trong thời hạn chậm nhất 5 (năm)ngày làm việc kể từ khi nhận được văn bản đề nghị của Tổng cục Thuế, Tổng cục Hảiquan phải áp dụng tiêu chí phân luồng, biện pháp kiểm tra, giám sát hàng hóa xuấtnhập khẩu. Trường hợp không áp dụng hoặc có vướng mắc, Tổng cục Hải quan có vănbản trao đổi với Tổng cục Thuế trong thời hạn nêu trên và nêu rõ lý do của việckhông hoặc chưa áp dụng.

Điều 8. Áp dụngbiện pháp nghiệp vụ quản lý hoàn thuế đối với một số trường hợp rủi ro cao vềthuế

1. Trường hợp qua kiểm tra, thanhtra thuế phát hiện người nộp thuế mua hàng hóa, dịch vụ của người nộp thuế khác(bên cung cấp hàng hóa, dịch vụ) có hành vi trốn thuế, gian lận thuế, cơ quanthuế phải bổ sung kế hoạch kiểm tra, thanh tra bên cung cấp hàng hóa, dịch vụ;hoặc đề nghị cơ quan thuế quản lý trực tiếp bên cung cấp hàng hóa, dịch vụ bổsung kế hoạch và thực hiện kiểm tra, thanh tra hoặc cung cấp thông tin về việcchấp hành pháp luật thuế của bên cung cấp hàng hóa, dịch vụ để có căn cứ giảiquyết hoàn thuế.

2. Trường hợp người nộp thuế cógiao dịch thanh toán liên quan đến tổ chức, cá nhân có giao dịch đáng ngờ theodanh sách cảnh báo của cơ quan thanh tra, giám sát ngân hàng; hoặc qua kiểmtra, thanh tra thuế phát hiện người nộp thuế có chứng từ thanh toán qua ngânhàng có nội dung chưa đầy đủ, chưa đúng quy định:

a) Cơ quan thuế có văn bản yêu cầutổ chức tín dụng, tổ chức cung ứng dịch vụ trung gian thanh toán có liên quancung cấp thông tin (bao gồm cả sổ phụ tài khoản) của người trả (hoặc chuyển) tiền,người thụ hưởng số tiền trên chứng từ (hoặc cá nhân liên quan đến người thụ hưởng)để có căn cứ giải quyết hoàn thuế giá trị gia tăng;

b) Cơ quan thuế có văn bản đề nghịcơ quan hải quan cửa khẩu cung cấp thông tin về lượng tiền mặt (ngoại tệ hoặc đồngViệt Nam) mang qua cửa khẩu vào Việt Nam trong thời hạn 5 (năm) ngày làm việc kểtừ ngày nhận được văn bản đề nghị của cơ quan thuế để có căn cứ giải quyết hoànthuế giá trị gia tăng đối với hàng hóa xuất khẩu qua biên giới đất liền theoquy định.

3. Trường hợp qua kiểm tra, thanhtra thuế phát hiện người nộp thuế có dấu hiệu trốn thuế, gian lận thuế theo quyđịnh của pháp luật về thuế và có dấu hiệu tội phạm, cơ quan thuế chuyển hồ sơcho cơ quan công an để xử lý theo quy định của Bộ Luật tố tụng hình sự.

4. Quá thời hạn kiểm tra, thanhtra thuế nhưng cơ quan thuế chưa nhận được kết quả trả lời, xác minh của các cơquan có liên quan nêu tại Điều này thì:

a) Trường hợp hồ sơ thuộc diện kiểmtra trước, hoàn thuế sau, cơ quan thuế kiểm tra xác định số thuế đủ điều kiệnđược hoàn khác số thuế đề nghị hoàn thì xử lý như sau:

- Nếu số thuế đề nghị hoàn lớnhơn số thuế đủ điều kiện được hoàn thì người nộp thuế được hoàn bằng số thuế đủđiều kiện được hoàn.

- Nếu số thuế đề nghị hoàn nhỏhơn số thuế đủ điều kiện được hoàn thì người nộp thuế được hoàn bằng số thuế đềnghị hoàn.

Trường hợp cơ quan thuế xác địnhsố thuế đủ điều kiện được hoàn thì giải quyết hoàn số thuế đã đủ điều kiệnhoàn, không chờ kiểm tra xác minh toàn bộ hồ sơ mới thực hiện hoàn thuế; đối vớisố thuế cần kiểm tra xác minh, yêu cầu người nộp thuế giải trình, bổ sung hồ sơthì xử lý hoàn thuế khi có đủ điều kiện theo quy định.

b) Trường hợp kiểm tra, thanh trasau hoàn thuế, cơ quan thuế phải kết thúc kiểm tra, thanh tra đúng thời hạn quyđịnh. Đối với số tiền thuế đã hoàn đang chờ kết quả trả lời, xác minh của cáccơ quan có liên quan, cơ quan thuế phải nêu rõ trong biên bản kiểm tra, kết luậnthanh tra về việc chưa đủ căn cứ kết luận số tiền thuế đủ điều kiện hoàn thuế.Khi có kết quả trả lời, xác minh của các cơ quan có liên quan, cơ quan thuế xácđịnh số tiền thuế đã hoàn không đủ điều kiện hoàn thuế thì có quyết định thu hồisố thuế đã hoàn và xử phạt người nộp thuế theo quy định của pháp luật.

Điều 9. Tráchnhiệm của cơ quan thuế trong việc tiếp nhận, giải quyết hồ sơ hoàn thuế giá trịgia tăng

1. Cơ quan thuếquản lý trực tiếp người nộp thuế có trách nhiệm tiếp nhận hồ sơ hoàn thuếgiá trị gia tăng của người nộp thuế.

2. Cục Thuế có trách nhiệm giảiquyết hồ sơ hoàn thuế của người nộp thuế, bao gồm: phân loại hồsơ hoàn thuế; xác định số thuế giá trị gia tăng được hoàncủa người nộp thuế; xác định số tiền thuế nợ, tiền phạt,tiền chậm nộp phải bù trừ với số thuế giá trị gia tăng được hoàn của người nộpthuế; đề xuất hoàn thuế; thẩm định hồ sơ hoàn thuế;ban hành quyết định hoàn thuế; thực hiện chi hoàn thuế cho người nộp thuế trừ trường hợp quy định tại khoản 3Điều này.

3. Chi cục Thuế quản lý trực tiếpngười nộp thuế trực thuộc các Cục Thuế thành phố Hà Nội,thành phố Hồ Chí Minh, tỉnh Bình Dương, tỉnh Đồng Nai được thực hiện các công việc sau: phân loại hồ sơ hoànthuế; xác định số thuế giá trị gia tăng được hoàn của ngườinộp thuế; xác định số tiền thuế nợ, tiền phạt, tiền chậm nộpphải bù trừ với số thuế giá trị gia tăng được hoàn của người nộp thuế; đềxuất số tiền được hoàn thuế trước khi chuyển hồ sơ gửi Cục Thuế thực hiện thẩm định hồ sơ hoàn thuế; ban hành quyết địnhhoàn thuế; thực hiện chi hoàn thuế cho người nộp thuế.

Chương II

QUY TRÌNH GIẢIQUYẾT HOÀN THUẾ GIÁ TRỊ GIA TĂNG

Điều 10. Lậpvà gửi hồ sơ hoàn thuế

1. Hồ sơ hoàn thuế giá trị giatăng gồm:

- Giấy đề nghị hoàn trả khoảnthu ngân sách nhà nước (mẫu 01/ĐNHT ban hành kèm theo Thông tưhướng dẫn Luật Quản lý thuế số 156/2013/TT-BTC ngày06/11/2013 của Bộ Tài chính) (sau đây gọi là Thông tư số 156/2013/TT-BTC).

- Các tài liệu khác theo quy địnhtại các điều từ Điều 50 đến Điều 56 (trừ Điều 53) của Thông tư số156/2013/TT-BTC.

2. Người nộp thuế là doanh nghiệp,tổ chức đáp ứng đầy đủ các điều kiện về khấu trừ, hoàn thuế giá trị gia tăngtheo quy định của pháp luật về thuế giá trị gia tăng và pháp luật về quản lýthuế, lập và gửi hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng đến cơ quan thuế quản lý trựctiếp người nộp thuế.

Chi nhánh, đơn vị phụ thuộc của người nộp thuếtheo quy định tại Khoản 1 Điều 45 Luật Doanh nghiệp số 68/2014/QH13 và không phảilà đơn vị kế toán lập báo cáo tài chính theo quy định tại Khoản 4 Điều 3 Luật Kếtoán số 88/2015/QH13 , khi đề nghị hoàn thuế giá trị gia tăng phải có văn bản ủyquyền của doanh nghiệp trụ sở chính theo quy định của pháp luật về uỷ quyền.

3. Người nộp thuế được gửi hồ sơhoàn thuế điện tử hoặc nộp trực tiếp tại cơ quan thuế hoặc gửi qua đường bưuchính. Cụ thể:

a) Người nộp thuế gửi hồ sơhoàn thuế điện tử qua Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế kể từ thời điểmcơ quan thuế chấp nhận giao dịch hoàn thuế điện tử theo quy định tại Thông tư số 110/2015/TT-BTC ngày 28/7/2015 của Bộ Tài chính hướng dẫn giao dịch điện tửtrong lĩnh vực thuế (sau đây gọi là Thông tư số 110/2015/TT-BTC).

b) Người nộp thuế gửi trực tiếphồ sơ hoàn thuế bằng giấy hoặc gửi qua đường bưu chính đến cơ quan thuế quản lýtrực tiếp người nộp thuế.

4. Người nộp thuế đã gửi hồ sơđề nghị hoàn thuế đến cơ quan thuế nhưng sau đó có văn bản hủy đề nghị hoàn thuếthì người nộp thuế được khai điều chỉnh, bổ sung số thuế đề nghị hoàn chuyển khấutrừ tiếp vào tờ khai thuế giá trị gia tăng của kỳ kê khai tiếp theo kể từ thờiđiểm có văn bản hủy đề nghị hoàn thuế, nếu đáp ứng đủ điều kiện khấu trừ thuếgiá trị gia tăng.

Điều 11.Tiếp nhận hồ sơ hoàn thuế

1. Nhận hồ sơ hoàn thuế điện tử

a) Cổng thông tin điện tử của Tổngcục Thuế tự động nhận hồ sơ hoàn thuế điện tử của người nộp thuế.

b) Hệ thống ứng dụng quản lýthuế tự động ghi nhận hồ sơ hoàn thuế điện tử của người nộp thuế và chuyển đếncơ quan thuế giải quyết hồ sơ hoàn thuế theo quy định tại khoản 2, khoản 3 Điều9 Thông tư này; đồng thời gửi Thông báo xác nhận nộp hồ sơ hoàn thuế điện tử (mẫusố 01/TB-TĐT ban hành kèm theo Thông tư số 110/2015/TT-BTC) cho người nộp thuế,cơ quan thuế quản lý trực tiếp người nộp thuế qua Cổng thông tin điện tử của Tổngcục Thuế.

2. Nhận hồ sơ hoàn thuế bằng giấy

a) Hồ sơ nộp trực tiếp tại cơquan thuế:

Bộ phận “một cửa” của cơ quanthuế quản lý trực tiếp người nộp thuế nhận hồ sơ hoàn thuế, kiểm tra tính đầy đủcủa hồ sơ theo quy định. Trường hợp hồ sơ chưa đầy đủ, bộ phận “một cửa” thôngbáo, hướng dẫn người nộp thuế để hoàn chỉnh hồ sơ. Trường hợp hồ sơ đầy đủ, bộphận “một cửa” ghi sổ nhận hồ sơ hoàn thuế trên Hệ thống ứng dụng quản lý thuế.

b) Hồ sơ nộp qua đường bưuchính:

Bộ phận hành chính văn thư củacơ quan thuế quản lý trực tiếp người nộp thuế nhận hồ sơ hoàn thuế của người nộpthuế, ghi sổ văn thư theo quy định, chuyển bộ phận “một cửa” để xử lý theo quyđịnh tại điểm a khoản này.

c) Chi cục Thuế gửi hồ sơ hoànthuế cho Cục Thuế có trách nhiệm giải quyết hồ sơ hoàn thuế theo quy định tạikhoản 2 Điều 9 Thông tư này ngay trong ngày làm việc hoặc chậm nhất ngày làm việctiếp theo liền kề trừ trường hợp quy định tại điểm d khoản này.

d) Đối với Chi cục Thuế trực tiếpgiải quyết hồ sơ hoàn thuế theo quy định tại Khoản 3 Điều 9 Thông tư này: bộ phận“một cửa” chuyển hồ sơ hoàn thuế cho bộ phận giải quyết hồ sơ hoàn thuế của Chicục Thuế ngay trong ngày làm việc hoặc chậm nhất ngày làm việc tiếp theo liền kề.

3. Thời điểm tiếp nhận hồ sơhoàn thuế

a) Đối với hồ sơ hoàn thuế điệntử: là ngày ghi trên Thông báo xác nhận nộp hồ sơ hoàn thuế điện tử quy định tạiđiểm b, Khoản 1 Điều này.

b) Đối với hồ sơ được nộp trựctiếp tại cơ quan thuế hoặc gửi qua đường bưu chính: là ngày nộp hồ sơ hoàn thuếđược xác định theo hướng dẫn tại Điểm b và Điểm c Khoản 1 Điều 58 Thông tư số156/2013/TT-BTC.

Điều 12.Phân loại hồ sơ hoàn thuế

1. Cơ quan thuế thực hiệnphân loại hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng theo quy định tại khoản 1, khoản 18 Điều1 Luật quản lý thuế số 21/2012/QH13; khoản 3 Điều 1 Luật số 106/2016/QH13, cụthể như sau:

a) Hồ sơ thuộcdiện kiểm tra trước, hoàn thuế sau là hồ sơ thuộc mộttrong các trường hợp sau đây:

- Hoàn thuế theo quy định của điềuước quốc tế mà nước Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam là thành viên, trừtrường hợp hoàn thuế theo Hiệp định tránh đánh thuế hai lần củacác hãng vận tải nước ngoài.

- Người nộp thuế đề nghị hoàn thuếlần đầu.

Trường hợp người nộp thuế có hồ sơhoàn thuế gửi cơ quan quản lý thuế lầnđầu nhưng không thuộc diện được hoàn thuế theo quy định thì lần đề nghị hoàn thuế kế tiếp vẫn xác định là đề nghịhoàn thuế lần đầu.

- Người nộp thuế đề nghị hoàn thuếtrong thời hạn 02 (hai) năm, kể từ thờiđiểm bị cơ quan quản lý thuế xử lý về hành vi trốn thuế,gian lận về thuế.

Trường hợp người nộp thuế có nhiềulần đề nghị hoàn thuế trong thời hạn 02 (hai) năm, nếutrong lần đề nghị hoàn thuế đầu tiên tính từ sau thời điểm bị xử lý về hành vitrốn thuế, gian lận về thuế, cơ quan thuế kiểm tra hồ sơ hoàn thuế của người nộpthuế không có hành vi khai sai dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp hoặc tăng sốtiền thuế được hoàn quy định tại Khoản 33 Điều 1 Luật quản lý thuế số21/2012/QH13, hoặc hành vi trốn thuế, gian lận thuế quy định tạiĐiều 108 Luật quản lý thuế và Khoản 34 Điều 1 Luật quản lý thuế số21/2012/QH13 thì những lần đề nghị hoàn thuế tiếp theo, hồ sơhoàn thuế của người nộp thuế không thuộc diện kiểm tra trước khi hoàn thuế. Trườnghợp phát hiện những lần đề nghị hoàn thuế tiếp theo, người nộp thuế có hành vikhai sai đối với hồ sơ hoàn thuế, hành vi trốn thuế, gianlận về thuế quy định tại Khoản 33, Khoản 34 Điều 1 Luậtquản lý thuế số 21/2012/QH13, Điều 108 Luật quản lý thuế số78/2006/QH11 thì hồ sơ đề nghị hoàn thuế vẫn thuộc diện kiểm tra trước, hoàn thuế sau theo đúng thời hạn02 (hai) năm, kể từ thời điểm bị xử lý về hành vi trốn thuế,gian lận về thuế.

- Người nộp thuế sản xuất, kinhdoanh hàng hóa xuất khẩuđề nghị hoàn thuế trong thờihạn 02 (hai) năm, kể từ thời điểm bị cơ quan quản lý nhà nước xử lý đối với hành vi buôn lậu, vận chuyểntrái phép hàng hóa qua biên giới, gian lận thương mại.

Cơ quan thuế căn cứ thông tin vềQuyết định xử phạt của cơ quan quản lý nhà nước có liên quan về hành vi buôn lậu,vận chuyển trái phép hàng hoá qua biên giới, gian lận thương mại trên cơ sở dữliệu quản lý hoàn thuế tại thời điểm đánh giá để căn cứ phân loại hồ sơ hoànthuế thuộc diện kiểm tra trước, hoàn thuế sau. Thời điểm 02 (hai) năm được tínhkể từ ngày cơ quan quản lý nhà nước có Quyết định xử phạt về một trong các hànhvi buôn lậu, vận chuyển trái phép hàng hoá qua biên giới, gian lận thương mại tạithời điểm đánh giá.

- Doanh nghiệp sáp nhập, hợp nhất,chia tách, giải thể, phá sản, chuyển đổi hình thức sở hữu,chấm dứt hoạt động; giao, bán, khoán, cho thuê doanh nghiệp nhà nước;

- Người nộp thuế thuộc đối tượng rủi ro cao theoquy định của Luật quản lý thuế là các trường hợp người nộp thuế được đánh giá xếphạng rủi ro cao, rủi ro rất cao, người nộp thuế có thời gian hoạt động dưới 12tháng hướng dẫn tại Thông tư số 204/2015/TT-BTC.

- Hết thời hạn theo thông báo bằngvăn bản của cơ quan thuế nhưng người nộpthuế không giải trình, bổ sung thông tin tài liệu theo thông báo của cơquan thuế hoặc có giải trình, bổ sung nhưngkhông chứng minh được số thuế đã khai là đúng.

b) Hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước,kiểm tra sau là các hồ sơ không thuộc điểm a Khoản này.

2. Trường hợpkết quả phân loại hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước, hoàn thuế sau, cơ quan thuế gửi Thông báo về việc chuyển hồ sơ hoàn thuế sang diện kiểmtra trước, hoàn thuế sau (mẫu số 01/HT-TB ban hành kèm theoThông tư số 156/2013/TT-BTC) cho người nộp thuế trong thời hạn 06 (sáu) ngày làm việc kể từ ngày tiếp nhận đủ hồ sơ đềnghị hoàn thuế theo quy định tại Điểm a Khoản 3 Điều 58 Thông tư số156/2013/TT-BTC.Trường hợp người nộp thuếthực hiện hoàn thuế điện tử, thông báo được gửi cho người nộp thuế quaCổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế.

Điều 13. Xácđịnh số thuế giá trị gia tăng được hoàn của người nộp thuế

1. Đối với hồsơ hoàn thuế thuộc diện hoàn thuế trước, kiểm tra sau

Cơ quan thuế căncứ hồ sơ hoàn thuế của người nộp thuế và thông tin về người nộp thuế do cơ quanthuế quản lý tại cơ sở dữ liệu hoàn thuế giá trị gia tăng để kiểm tra đốitượng và trường hợp được hoàn thuế, cụ thể:

a) Trường hợp hồ sơ hoàn thuế củangười nộp thuế không thuộc đối tượng và trường hợp hoàn thuế theo quy định tại Luật Thuế giá trị gia tăng, Luật Quản lý thuế, trongthời hạn chậm nhất không quá 03 (ba) ngày làm việc, kể từ ngày nhận được đủ hồsơ, cơ quan thuế ban hành Thông báo về việc không được hoàn thuế (mẫu số 02/HT-TB ban hành kèm theoThông tư số 156/2013/TT-BTC) gửi cho người nộp thuế. Trườnghợp người nộp thuế thực hiện hoàn thuế điện tử, Thông báo được gửi qua Cổng thôngtin điện tử của Tổng cục Thuế.

b) Trường hợp hồ sơ hoàn thuế củangười nộp thuế thuộc đối tượng và trường hợp được hoàn thuế, cơ quan thuếthực hiện đối chiếu số tiền thuế giá trị gia tăng đề nghị hoàn tạihồ sơ hoàn thuế với hồ sơ khai thuế của người nộp thuế. Sốtiền thuế giá trị gia tăng được hoànphải đảm bảo đã được khai thuế theo đúng quy định của Luật quản lý thuế và cácvăn bản hướng dẫn thi hành; đảm bảo điều kiện khấu trừ, hoàn thuế quy định tạikhoản 6, khoản 7 Điều 1 Luật thuế giá trị gia tăng số 31/2013/QH13 ngày19/6/2013 (sau đây gọi là Luật thuế giá trị gia tăng số 31/2013/QH13) và cácvăn bản hướng dẫn thi hành.

c) Trường hợp chưa đủ thôngtin để xác định hồ sơ hoàn thuế của người nộp thuế thuộc đốitượng và trường hợp được hoàn thuế, cơ quan thuế lập và gửi Thôngbáo giải trình, bổ sung thông tin,tài liệu (mẫu số 01/KTTT ban hành kèm theo Thông tư156/2013/TT-BTC) theo quy định tại Khoản 2 Điều 60 Thông tư 156/2013/TT-BTCgửi người nộp thuế trong thời hạn chậm nhất không quá 03 (ba) ngàylàm việc kể từ ngày cơ quan thuế tiếp nhận hồ sơ đề nghị hoàn thuế của người nộp thuế. Trường hợp người nộpthuế thực hiện hoàn thuế điện tử, Thông báo được gửi qua Cổng thông tin điện tửcủa Tổng cục Thuế. Trong thời hạn 10 (mười) ngày làm việckể từ ngày cơ quan thuế có Thông báo, người nộp thuế có trách nhiệm gửi các giảitrình hoặc bổ sung thông tin, tài liệu theo thông báo của cơ quan thuế. Quá thời hạn nêu trên, cơ quan thuế chuyển hồ sơ hoànthuế sang diện kiểm tra trước, hoàn thuế sau.

- Trường hợp thông tin liênquan đến xác định số thuế giá trị gia tăng được hoàn thuộc tráchnhiệm quản lý của cơ quan nhà nước đã có quy chế trao đổi thông tin và phối hợpcông tác với cơ quan thuế thì cơ quan thuế không được yêu cầu người nộp thuế giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu.

- Trường hợp người nộp thuế đãgiải trình, bổ sung thông tin, tài liệu nhưngkhông chứng minh được số thuế đã khai là đúng hoặc quá thời hạn yêu cầucủa cơ quan thuế nhưng không giải trình, bổ sung hồ sơ hoàn thuế theoquy định tại Khoản 2 Điều 58 Thông tư số 156/2013/TT-BTC: Thủ trưởngcơ quan thuế chịu trách nhiệm phê duyệt thay đổi phân loạihồ sơ hoàn thuế của người nộp thuế thuộc diện hoàn thuế trước, kiểm tra sausang thuộc diện kiểm tra trước, hoàn thuế sau; đồng thời gửiThông báo về việc chuyển hồ sơ sang diện kiểm tra trước, hoàn thuế sau (mẫu số01/HT-TB ban hành kèm theo Thông tư số156/2013/TT-BTC) cho người nộp thuế biết trong thời hạn 06 (sáu)ngày làm việc kể từ ngày tiếp nhận hồ sơ theo quy định tại Điểm a Khoản 3 Điều58 Thông tư số 156/2013/TT-BTC.

d) Khoảng thời gian kể từ ngày cơquan thuế phát hành thông báo đề nghị giải trình, bổ sung đến ngày cơ quan thuếnhận được văn bản giải trình, bổ sung của người nộp thuế không tính trong thờihạn giải quyết hồ sơ hoàn thuế của cơ quan thuế.

2. Đốivới hồ sơ hoàn thuế thuộc diện kiểm tra trước,hoàn thuế sau

a) Cơ quan thuế thực hiện kiểmtra, thanh tra tại trụ sở của người nộp thuế theo quy định tại các Điều 78, Điều79, Điều 80 Luật quản lý thuế số78/2006/QH11 vàcác văn bảnhướng dẫn thi hành, theo quy trình kiểm tra thuế, quy trình thanh tra của ngànhthuế. Căn cứ kết quả kiểm tra thuế, thanh tra thuế, cơ quan thuế xác định sốthuế được hoàn của người nộp thuế. Số tiền thuế giá trị gia tăng được hoàn phải đảm bảo đã đượckhai thuế theo đúng quy định của Luật quản lý thuế và các văn bản hướng dẫn thihành; đảm bảo điều kiện khấu trừ, hoàn thuế quy định tại khoản 6, khoản 7 Điều1 Luật thuế giá trị gia tăng số 31/2013/QH13 và các văn bản hướng dẫn thi hành.

b) Trong quá trìnhthực hiện kiểm tra thuế, thanh tra thuế, cơ quan thuế áp dụng các biện pháptheo quy định tại Điều 7, Điều 8 Thông tư này để có căn cứ xác định số tiền thuếgiá trị gia tăng đủ điều kiện hoàn của người nộp thuế.

3. Trong quátrình giải quyết hoàn thuế mà cơ quan thuế qua công tác kiểm tra, thanh tra thuếphát hiện người nộp thuế có dấu hiệuvi phạm pháp luật và đã chuyển hồ sơ cho cơ quan công an điều tra hoặc người nộpthuế bị cơ quan nhà nước có thẩm quyền thu giữ sổ sách kế toán, hóa đơn chứng từliên quan đến số thuế đề nghị hoàn thì cơ quan thuế phải thông báo cho người nộp thuế về việc hồ sơ chưađủ điều kiện hoàn thuế. Cơ quan thuế thựchiện giải quyết hoàn thuế khi có kết quả hoặc ý kiến của cơ quan công an hoặc củacơ quan có thẩm quyền hoặc khi có đủ hồ sơ theo quy định.

Điều 14. Xácđịnh số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt còn nợ được bù trừ với số tiền thuếgiá trị gia tăng được hoàn

1. Cơ quan thuế có trách nhiệm xác định số tiền thuế,tiền chậm nộp, tiền phạt và các khoản thu khác còn nợ ngân sách nhà nước (sauđây gọi là tiền thuế nợ) để thực hiện bù trừ với số tiền thuế giá trị gia tăngđược hoàn của người nộp thuế.

2. Tiền thuế nợ của người nộp thuế phải bù trừ(không bao gồm tiền thuế nợ đang thực hiện thủ tục để xoá nợ, tiền thuế nợ đượcnộp dần theo quy định tại Điều 32, 39 Nghị định số 83/2013/NĐ-CP ngày 22/7/2013của Chính phủ quy định chi tiết thi hành một số điều của Luật Quản lý thuế vàLuật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Quản lý thuế), bao gồm:

a) Tiền thuế nợ do ngành Thuế quản lý trên Hệ thốngứng dụng quản lý thuế;

b) Tiền thuế nợ (trừ tiền phí, tiền lệ phí hảiquan) do cơ quan hải quan cung cấp theo Quy chế trao đổi thông tin và phối hợpcông tác giữa cơ quan hải quan và cơ quan thuế;

c) Tiền thuế nợ Ngân sách nhà nước theo văn bảnđề nghị của các cơ quan, tổ chức có thẩm quyền theo quy định của pháp luật.

3. Sau khi đã bù trừ theo quy định tại khoản 2Điều này, trường hợp người nộp thuế là doanh nghiệp trụ sở chính vẫn có số thuếcòn được hoàn trả nhưng có Chi nhánh hạch toán phụ thuộc có số tiền thuế nợ quáhạn trên 90 ngày do cơ quan thuế quản lý trên Hệ thống ứng dụng quản lý thuếthì cơ quan thuế phải tiếp tục thực hiện bù trừ. Trường hợp nhiều Chi nhánh hạchtoán phụ thuộc có số tiền thuế nợ thì thứ tự bù trừ ưu tiên cho khoản nợ có hạnnộp xa nhất của Chi nhánh.

Trường hợp Chi nhánh hạch toán phụ thuộc có sốthuế còn được hoàn thì phải thực hiện bù trừ với số tiền thuế nợ quá hạn trên90 ngày của doanh nghiệp trụ sở chính.

4. Cơ quan thuế quản lý trực tiếp người nộp thuếphải chịu trách nhiệm về số tiền thuế nợ trên Hệ thống ứng dụng quản lý thuế;cơ quan, tổ chức có đề nghị số tiền thuế nợ Ngân sách nhà nước được bù trừ phảichịu trách nhiệm về số liệu đã cung cấp cho cơ quan thuế.

5. Trường hợp người nộp thuế có văn bản đề nghịcơ quan thuế trích số tiền thuế được hoàn nộp thay tiền thuế nợ ngân sách ngânsách nhà nước cho người nộp thuế khác, cơ quan thuế xác định số tiền thuế đượchoàn bù trừ với số tiền thuế nợ của người nộp thuế khác (sau khi bù trừ số tiềnthuế nợ của người nộp thuế quy định tại khoản 2, khoản 3 Điều này).

6. Sau khi nhận được Quyết định hoàn thuế kiêmbù trừ thu ngân sách nhà nước theo quy định tại Điều này, người nộp thuế có vướngmắc về số tiền thuế nợ đã bù trừ với số tiền thuế được hoàn thì cơ quan thuế quảnlý trực tiếp người nộp thuế, cơ quan hải quan, cơ quan, tổ chức đề nghị bù trừnợ có trách nhiệm giải quyết vướng mắc cho người nộp thuế.

Trường hợp số tiền thuế nợ đã bù trừ cao hơn sốtiền thuế nợ thực tế thì được xác định là khoản nộp thừa. Cơ quan thuế, cơ quanhải quan xử lý theo quy định tại khoản 13 Điều 1 Luật số 21/2012/QH13 hoặc cơquan, tổ chức đề nghị số tiền thuế nợ bù trừ xử lý theo quy định của pháp luậtcó liên quan.

Điều 15. Đềxuất hoàn thuế

1. Cơ quan thuếcăn cứ kết quả xác định số tiền thuế giá trị gia tăng đượchoàn, số tiền thuế giá trị gia tăng không được hoàn, số tiền thuế nợ phải bù trừ,số tiền thuế giá trị gia tăng còn được hoàn trả cho người nộp thuế, thực hiện lậpđề xuất hoàn thuế và dự thảo Quyết định hoàn thuế (hoặc Quyết định hoàn thuếkiêm bù trừ thu ngân sách nhà nước), Thông báo về việc không được hoàn thuế (nếucó).

2. Cơ quan thuếphải tổ chức kiểm tra, cập nhật trên Hệ thống ứng dụng quảnlý thuế đối với: hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng, hồ sơ hoàn thuế, Biên bản kiểmtra hoàn thuế (nếu có), Quyết định về việc xử lý thuế qua thanh tra, kiểm traviệc chấp hành pháp luật thuế (nếu có), Phiếu đề xuất hoàn thuế, dự thảo Quyếtđịnh hoàn thuế (hoặc Quyết định hoàn thuế kiêm bù trừ thu ngân sách nhà nước),Thông báo về việc không được hoàn thuế (nếu có).

Điều 16. Thẩmđịnh hồ sơ hoàn thuế

1. Cơ quan thuếtổ chức thẩm định hồ sơ hoàn thuế đối với: Phiếu đề xuấthoàn thuế, dự thảo Quyết định hoàn thuế (hoặc Quyết định hoàn thuế kiêm bù trừthu ngân sách nhà nước), Thông báo về việc không được hoàn thuế (nếu có) trướckhi ban hành Quyết định hoàn thuế (hoặc Quyết định hoàn thuế kiêm bù trừ thungân sách nhà nước).

Thời hạn hoàn thành việc thẩm địnhhoàn thuế là: 01 (một) ngày làm việc đối với hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước,kiểm tra sau; 03 (ba) ngày làm việc đối với hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước,hoàn thuế sau kể từ thời điểm tiếp nhận đầy đủ hồ sơ đề nghị thẩm định.

2. Cục Thuế thực hiện thẩm định vềthủ tục hoàn thuế, hồ sơ hoàn thuế, đối tượng và trường hợp được hoàn thuế, thẩmquyền ban hành quyết định hoàn thuế và nội dung khác có liên quan.

a) Trường hợp qua thẩm định pháthiện vấn đề chưa rõ, chưa đầy đủ, cơ quan thuế phải tổ chức trao đổi, làm rõ giữacác bộ phận liên quan đến giải quyết hồ sơ hoàn thuế để thống nhất các nội dungliên quan đến thẩm định hoàn thuế trong thời hạn thẩm định hồ sơ hoàn thuế; hoặctừ chối thẩm định hồ sơ hoàn thuế đối với hồ sơ chưa đầy đủ, chưa cập nhật vàoHệ thống ứng dụng quản lý thuế theo quy định tại Điều 15 Thông tư này.

b) Trường hợp kết quả thẩm địnhxác định thủ tục hoàn thuế, hồ sơ hoàn thuế, đối tượng và trường hợp được hoànthuế, thẩm quyền ban hành quyết định hoàn thuế phù hợp với quy định, cơ quanthuế thực hiện cập nhật kết quả thẩm định hoàn thuế giá trị gia tăng vào Hệ thốngứng dụng quản lý thuế.

Điều 17. Giámsát hồ sơ hoàn thuế

1. Căn cứ quy định nghiệp vụ về quảnlý thuế, quy trình hoàn thuế, cơ sở dữ liệu về quản lý hoàn thuế giá trị giatăng, Tổng cục trưởng Tổng cục Thuế xây dựng hệ thống giám sát tự động việc giảiquyết hoàn thuế giá trị gia tăng của cơ quan thuế phù hợp với từng giai đoạn hiệnđại hoá hệ thống quản lý thuế đảm bảo đầy đủ, chính xác, đúng quy định về quảnlý thuế.

2. Tổng cục Thuế thực hiện giámsát tự động đối với hồ sơ hoàn thuế trên Hệ thống ứng dụng quản lý thuế. Trongquá trình giám sát, trường hợp Hệ thống ứng dụng quản lý thuế xác định hồ sơkhông đảm bảo các điều kiện ban hành Quyết định hoàn thuế/ Quyết định hoàn thuếkiêm bù trừ thu ngân sách nhà nước, Hệ thống ứng dụng quản lý thuế tự độngthông báo rõ lý do và công việc phải thực hiện tiếp theo để Cục Thuế căn cứ thựchiện hoặc thông báo cho người nộp thuế thực hiện.

3. Kết quả giám sát phải được cậpnhật tự động vào Hệ thống ứng dụng quản lý thuế.

Điều 18. Banhành quyết định hoàn thuế

1. Căn cứ kết quả thẩm định vàgiám sát hồ sơ hoàn thuế theo quy định tại Điều 16, Điều 17 Thông tư này, Cụctrưởng Cục Thuế xem xét ký ban hành Quyết định hoàn thuế (theomẫu số 01/QĐ-HT )/ Quyết định hoàn kiêm bù trừ khoản thungân sách nhà nước (theo mẫu số 02/QĐ-HT ),Thông báo về việc không được hoàn thuế (theo mẫu số 02/HT-TB)quy định tại Thông tư 156/2013/TT-BTCCục trưởngCục Thuế chịu trách nhiệm về quyết định hoàn thuế theo quy định của pháp luật.

2. Thời hạnban hành Quyết định hoàn thuế/ Quyếtđịnh hoàn thuế kiêm bù trừ thu ngân sách nhà nước chậm nhất không quá 06 (sáu) ngày làm việc đối với hồ sơ hoàn thuế thuộc diệnhoàn thuế trước, kiểm tra sau; 40 (bốnmươi) ngày đối với hồ sơ hoàn thuếthuộc diện kiểm tra trước, hoàn thuếsau kể từ ngày nhận được đủ hồ sơ hoàn thuế của người nộp thuế.

3. Quyết định hoàn thuế được gửicho người nộp thuế, cơ quan, tổ chức có liên quan. Trường hợp người nộp thuế thựchiện hoàn thuế điện tử, Quyết định hoàn thuế/ Quyết định hoàn thuế kiêm bù trừkhoản thu ngân sách nhà nước được gửi qua Cổng thông tin điện tử của Tổng cụcThuế theo quy định tại Điều 28 Thông tư 110/2015/TT-BTC.

Điều 19. Chihoàn thuế cho người nộp thuế

1. Căn cứ Quyết định hoàn thuế/Quyết định hoàn thuế kiêm bù trừ khoản thu ngân sách nhà nước, Cục Thuế thực hiệnlập Lệnh hoàn trả khoản thu ngân sách nhà nước/ Lệnh hoàn trả kiêm bù trừ khoảnthu ngân sách nhà nước ban hành kèm theo Thông tư số 08/2013/TT-BTC hướng dẫnthực hiện kế toán nhà nước áp dụng cho Hệ thống thông tin quản lý ngân sách vànghiệp vụ Kho bạc ngày 10/1/2013 của Bộ Tài chính (đã được sửa đổi, bổ sung tạiQuyết định số 759/QĐ-BTC ngày 16/4/2013 của Bộ Tài chính về việc đính chínhThông tư số 08/2013/TT-BTC) gửi Kho bạc nhà nước cấp tỉnh kèm theo Quyết địnhhoàn thuế/Quyết định hoàn thuế kiêm bù trừ khoản thu ngân sách nhà nước.

Trường hợp ngườinộp thuế bù trừ số thuế được hoàn với số tiền thuế nợ của ngườinộp thuế khác theo quy định tại khoản 3, khoản 5 Điều 14 Thông tư này, cơ quanthuế lập Lệnh hoàn trả kiêm bù trừ khoản thu ngân sách nhà nước, trong đó ghithông tin: tên người nộp thuế, mã số thuế của người nộp thuế được bù trừ khoảnthu ngân sách nhà nước để Kho bạc Nhà nước có căn cứ hạch toán thu ngân sáchnhà nước.

2. Kho bạc Nhà nước cấp tỉnh tiếpnhận Quyết định hoàn thuế và Lệnh hoàn trả khoản thu ngân sách nhà nước (hoặcQuyết định hoàn thuế kiêm bù trừ thu ngân sách nhà nước và Lệnh hoàn trả kiêmbù trừ khoản thu ngân sách nhà nước) do Cục Thuế gửi đến, thực hiện các nộidung sau:

a) Đối chiếu Quyết định hoàn thuếvà Lệnh hoàn trả khoản thu ngân sách nhà nước (hoặc Quyết định hoàn thuế kiêmbù trừ thu ngân sách nhà nước và Lệnh hoàn trả kiêm bù trừ thu ngân sách nhà nước),đảm bảo thống nhất thông tin về số tiền, tên người nộp thuế được nhận tiền hoànthuế, địa chỉ ngân hàng, thông tin về tài khoản và ngân hàng; thông tin hạchtoán thu ngân sách nhà nước.

b) Kiểm tra tính hợp pháp của Lệnhhoàn trả khoản thu ngân sách nhà nước/ Lệnh hoàn trả kiêm bù trừ thu ngân sáchnhà nước đảm bảo khớp đúng mẫu dấu, chữ ký (hoặc kiểm tra việc xác thực thànhcông chữ ký điện tử bằng hệ thống thông tin của Kho bạc Nhà nước) .

c) Thực hiện hoàn thuế cho người nộpthuế trong thời hạn chậm nhất 03 (ba) ngày làm việc kể từ ngày nhận được Lệnhhoàn trả khoản thu ngân sách nhà nước/ Lệnh hoàn trả kiêm bù trừ khoản thu ngânsách nhà nước do cơ quan thuế chuyển đến.

3. Kho bạc Nhà nước cấp tỉnh luânchuyển các liên chứng từ Lệnh hoàn trả khoản thu ngân sách nhà nước/ Lệnh hoàntrả kiêm bù trừ khoản thu ngân sách nhà nước theo quy định tại Thông tư số 08/2013/TT-BTC và các văn bản hướng dẫn thực hiện cho cơ quan thuế đồng cấpngay trong ngày hạch toán hoặc chậm nhất ngày làm việc tiếp theo liền kề.

Trường hợp cơ quan thuế, Kho bạcNhà nước đã thực hiện trao đổi thông tin hạch toán hoàn thuế, hạch toán thungân sách nhà nước bằng phương thức điện tử thì thực hiện theo quy định về giaodịch điện tử của Tổng cục Thuế và Kho bạc Nhà nước.

Điều 20. Côngkhai thông tin giải quyết hoàn thuế

1. Người nộp thuế thực hiệnhoàn thuế điện tử được tra cứu thông tin về việc giải quyết hoàn thuế của cơquan thuế theo quy định tại Thông tư số 110/2013/TT-BTC .

2. Cơ quan thuế công khai trên Cổngthông tin điện tử của Tổng cục Thuế về:

­- Thời điểm tiếp nhận hồ sơ hoànthuế; thời điểm tiếp nhận văn bản giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu củangười nộp thuế.

- Thời điểm ban hành thông báo,quyết định giải quyết hoàn thuế giá trị gia tăng của cơ quan thuế.

Điều 21. Kiểm tra, thanhtra sau hoàn thuế đối với người nộp thuế

1. Cơ quan thuế lập kế hoạch kiểm tra, thanh trasau hoàn thuế và thực hiện kiểm tra, thanh tra sau hoàn thuế theo quy định củakhoản 18 Điều 1 Luật Quản lý thuế số 21/2012/QH13.

2. Cơ quan thuế căn cứ kết quả đánh giá rủi roquy định tại Điều 6 Thông tư này, lựa chọn hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước, kiểmtra sau có dấu hiệu rủi ro cao để bổ sung kế hoạch kiểm tra, thanh tra sau hoànthuế trong năm và thực hiện kiểm tra, thanh tra sau hoàn thuế đảm bảo theo đúngthời hạn được quy định tại khoản 18 Điều 1 Luật quản lý thuế số 21/2012/QH13.

3. Căn cứ kết quả kiểmtra, thanh tra sau hoàn thuế tại trụ sở người nộp thuế, trường hợp phát hiện sốthuế đã hoàn chưa đúng quy định, cơ quan thuế ban hành Quyết định để thu hồi sốtiền thuế đã hoàn cho người nộp thuế, xử phạt vi phạm, tính tiền chậm nộp theoquy định.

Chương III

QUẢN LÝ KINH PHÍHOÀN THUẾ GIÁ TRỊ GIA TĂNG

Điều 22. Lậpdự toán kinh phí hoàn thuế giá trị gia tăng

1. Dự toánkinh phí hoàn thuế giá trị gia tăng được lập theo quy định của Luật Thuế giá trịgia tăng, Luật Quản lý thuế, Luật Ngân sách nhà nước.

Quy trình,mẫu biểu lập dự toán kinh phí hoàn thuế giá trị gia tăng được thực hiện theoquy định về lập dự toán ngân sách nhà nước.

2. Cục Thuế có trách nhiệm lập dựtoán kinh phí hoàn thuế giá trị gia tăng thuộc phạm vi quản lý hoàn thuế trên địabàn tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương. Căn cứ dự toán kinh phí hoàn thuếgiá trị gia tăng của các Cục Thuế, Tổng cục Thuế lập dự toán kinh phí hoàn thuếgiá trị gia tăng trên phạm vi toàn quốc.

3. Trong quá trình thực hiện hoànthuế giá trị gia tăng cho người nộp thuế, nếu phát sinh số thuế giá trị giatăng phải hoàn vượt nguồn kinh phí đã bố trí trong dự toán đã được cấp có thẩmquyền phê duyệt. Tổng cục Thuế báo cáo Bộ trưởng Bộ Tàichính theo quy định của Luật Ngân sách Nhà nước.

Điều 23. Quảnlý, điều hành nguồn kinh phí hoàn thuế giá trị gia tăng

1. Tổng cụcThuế quản lý, điều hành nguồn kinh phí hoàn thuế giá trị gia tăng, định kỳtháng, quý (chậm nhất ngày 10 tháng tiếp theo liền kề), tổng hợp số tiền đã chihoàn thuế giá trị gia tăng, số tiền thu hồi hoàn thuế giá trị gia tăng trên phạmvi toàn quốc và xác định dự toán kinh phí hoàn thuế giá trị gia tăng còn được sửdụng.

2.Tổngcục Thuế tổ chức công tác thông tin, báo cáo định kỳ về việc quản lý sử dụngkinh phí hoàn thuế giá trị gia tăng trên cơ sở hệ thống thông tin quản lý thuếthống nhất toàn quốc. Hàng tháng, quý thực hiện dự báo sốthuế giá trị gia tăng phải hoàn trên phạm vi toàn quốc để theo dõi, điều hànhcông tác hoàn thuế giá trị gia tăng.

3. Dự toán kinh phí hoàn thuế giá trị gia tăng hàng năm được quản lý, sử dụng theo quy địnhcủa Luật Ngân sách Nhà nước.

Điều 24. Hạchtoán kế toán hoàn thuế giá trị gia tăng tại Kho bạc Nhà nước

1. Kho bạc Nhà nước cấp tỉnh thựchiện hạch toán, kế toán hoàn thuế giá trị gia tăng theo quy định về kế toánngân sách nhà nước hiện hành.

Định kỳ tháng, năm Kho bạc Nhà nướccấp tỉnh đối chiếu, xác nhận báo cáo kế toán hoàn thuế giá trị gia tăng với cơquan thuế đồng cấp theo quy định.

2. Định kỳ tháng, năm, ngay saukhi khoá sổ kế toán, Kho bạc Nhà nước cung cấp số liệu về tình hình thực hiệnchi hoàn thuế giá trị gia tăng tại từng tỉnh, thành phố và trong phạm vi toànquốc cho Tổng cục Thuế để theo dõi, đối chiếu và quản lý dự toán hoàn thuế giátrị gia tăng.

Điều 25. Hạch toán thu hồi hoàn thuế giá trị gia tăng

1. Số tiền thu hồi hoàn thuế giátrị gia tăng nộp trong năm ngân sách nào thì được hạch toán giảm chi hoàn thuếgiá trị gia tăng của năm ngân sách đó.

2. Cuối ngày làm việc hoặc chậm nhấtngày làm việc tiếp theo, Kho bạc Nhà nước cấp tỉnh gửi Bảng kê chứng từ thu hồihoàn thuế đã hạch toán (trường hợp trao đổi thông tin điện tử) hoặc chứng từthu hồi hoàn thuế đã hạch toán (trường hợp trao đổi thông tin bằng giấy) cho cơquan thuế đồng cấp để thực hiện hạch toán kế toán thuế nội địa. Kho bạc Nhà nướcđối chiếu, xác nhận báo cáo kế toán thu hồi hoàn thuế cho cơ quan thuế đồng cấptheo quy định.

3. Định kỳ hàng tháng, năm, ngaysau khi khoá sổ kế toán, Kho bạc Nhà nước cung cấp số liệu về tình hình thực hiệnthu hồi hoàn thuế giá trị gia tăng tại từng tỉnh, thành phố và trong phạm vitoàn quốc cho Tổng cục Thuế để theo dõi, đối chiếu và quản lý dự toán hoàn thuếgiá trị gia tăng.

Điều 26. Quyết toán nguồn kinh phí hoàn thuế giá trị gia tăng

1. Tổng cục Thuế có trách nhiệmquyết toán nguồn kinh phí hoàn thuế giá trị gia tăng theo dự toán đã được Quốchội thông qua.

2. Tổng cụctrưởng Tổng cục Thuế có trách nhiệm tổ chức công tác kế toán hoàn thuế giá trịgia tăng tại cơ quan thuế các cấp theo quy định, hướng dẫn Cục Thuế thực hiệnquyết toán chi hoàn thuế giá trị gia tăng.

3. Kếtthúc năm ngân sách và sau thời gian chỉnh lý ngân sách, Tổng cục Thuế thực hiệnquyết toán việc sử dụng nguồn kinh phí hoàn thuế giá trị gia tăng, có xác nhậncủa Kho bạc Nhà nước và Vụ Ngân sách Nhà nước để tổng hợp quyết toán ngân sáchnhà nước theo quy định.

Chương IV

TRÁCH NHIỆM CỦA CÁC CƠ QUAN QUẢN LÝ NHÀ NƯỚC TRONGVIỆC QUẢN LÝ HOÀN THUẾ GIÁ TRỊ GIA TĂNG

Điều 27.Trách nhiệm của cơ quan thuế

1. Quản lý, thực hiện hoàn thuếgiá trị gia tăng đúng quy định của Luật Thuế giá trị gia tăng, Luật Quản lý thuế,Luật ngân sách nhà nước, các văn bản hướng dẫn thi hành Luật và hướng dẫn tạiThông tư này.

2. Chủ trìtrao đổi thông tin và phối hợp công tác với các cơ quan có liên quan trong việcthực hiện các biện pháp nghiệp vụ quản lý hoàn thuế giá trị gia tăng.

3. Xây dựng cơ sở dữ liệu và ứng dụngcông nghệ thông tin để thực hiện hoàn thuế điện tử, áp dụng quản lý rủi rotrong hoàn thuế giá trị gia tăng, giám sát hoàn thuế giá trị gia tăng, hỗ trợngười nộp thuế tra cứu thông tin về giải quyết hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăngcủa cơ quan thuế trên Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế.

4. Lập dự toán kinh phí hoàn thuếgiá trị gia tăng, quản lý dự toán và chi hoàn thuế giá trị gia tăng trong phạmvi dự toán hoàn thuế giá trị gia tăng đã được phê duyệt, thực hiện quyết toán chi hoàn thuế giá trị gia tăng, thu hồihoàn thuế giá trị gia tăng đảm bảo an toàn, chặt chẽ tiền của ngân sách nhà nướcvà theo đúng quy định của pháp luật.

Điều 28.Trách nhiệm của cơ quan hải quan

1. Thực hiện kiểm tra, giám sát hảiquan đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu của người nộp thuế theo pháp luật hảiquan

2. Thực hiện trao đổi thông tin vàphối hợp công tác theo Quy chế trao đổi thông tin và phối hợp công tác giữa cơquan hải quan và cơ quan thuế.

Điều 29.Trách nhiệm của Vụ Ngân sách Nhà nước

1. Chủ trì, phối hợp với Tổng cụcThuế trong việc lập dự toán kinh phí hoàn thuế giá trị gia tăng, tổng hợp dựtoán kinh phí hoàn thuế giá trị gia tăng, quyết toán kinh phí hoàn thuế giá trịgia tăng theo quy định của Luật Ngân sách nhà nước.

2. Phối hợp với Tổng cục Thuế điềuhành dự toán kinh phí hoàn thuế giá trị gia tăng được Quốc hội phê duyệt. Trườnghợp dự toán kinh phí không đủ chi hoàn thuế giá trị gia tăng cho người nộp thuếtheo quy định của Luật thuế giá trị gia tăng và Luật Quản lý thuế, chủ trìtrình cơ quan có thẩm quyền theo quy định của Luật Ngân sách nhà nước.

Điều 30.Trách nhiệm của Kho bạc Nhà nước

1. Theo dõi, kiểm soát chứng từchi hoàn thuế giá trị gia tăng, thu hồi hoàn thuế giá trị gia tăng theo quy địnhtại Thông tư này.

2. Hạch toán đầy đủ, chính xác, kịpthời chi hoàn thuế giá trị gia tăng, thu hồi hoàn thuế giá trị gia tăng theođúng quy định.

3. Phối hợp vớicơ quan thuế thực hiện hoàn thuế cho người nộp thuế trong phạm vi dự toán kinhphí hoàn thuế giá trị gia tăng đã được phê duyệt.

4. Cung cấp chính xác, kịp thời, đầyđủ cho cơ quan thuế số liệu về chi hoàn thuế, thu hồi hoàn thuế giá trị giatăng của người nộp thuế, tổng hợp thực chi hoàn thuế giá trị gia tăng, thu hồihoàn thuế giá trị gia tăng theo quy định; định kỳ hàng tháng, quý, năm đối chiếu,xác nhận với cơ quan thuế theo quy định về kế toán ngân sách nhà nước.

5. Thực hiện quyết toán kinh phíhoàn thuế giá trị gia tăng theo quy định của Luật Ngân sách nhà nước.

Chương V

TỔ CHỨC THỰC HIỆN

Điều 31. Hiệulực thi hành

1. Thông tư này có hiệu lực thihành kể từ ngày 13 tháng 8 năm 2016.

2. Kể từ khi Thông tư này có hiệulực thi hành, các văn bản sau đây hết hiệu lực thi hành:

- Thông tư số 94/2010/TT-BTC ngày 30/6/2010 của BộTài chính hướng dẫn thực hiện hoàn thuế GTGT đối với hàng hoá xuất khẩu;

- Quyết địnhsố 2404/QĐ-BTC ngày 27/9/2012 của Bộ trưởng Bộ Tài chính về việc ban hành Chế độkiểm tra hoàn thuế GTGT thuộc diện hoàn thuế trước, kiểm tra sau;

- Thông tư số 150/2013/TT-BTC ngày29/10/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn về lập, quản lý và thực hiện hoàn thuế từQuỹ hoàn thuế giá trị gia tăng.

3. Quy định chuyển tiếp

a) Các hồ sơ đề nghị hoàn thuế thuộcphạm vi điều chỉnh của Thông tư này đã nộp cơ quan thuế trước thời điểm Thôngtư này có hiệu lực thi hành, đáp ứng điều kiện, trường hợp hoàn thuế theo quy địnhcủa pháp luật về thuế giá trị gia tăng và Luật Quản lý thuế và cơ quan thuếđang giải quyết hoàn thuế theo quy định của Luật Quản lý thuế (cơ quan thuếchưa ban hành quyết định hoàn thuế) được áp dụng quy định về giải quyết hoànthuế trước thời điểm có hiệu lực thi hành tại Thông tư này.

b) Thu hồi toàn bộ số dư tài khoảndự toán kinh phí hoàn thuế giá trị gia tăng đã phân bổ cho Cục Thuế sử dụng (cấp4) tại thời điểm Thông tư này có hiệu lực thi hành về tài khoản dự toán hoànthuế giá trị gia tăng của Tổng cục Thuế (cấp 1) để quản lý dự toán tập trung tạiTổng cục Thuế. Kho bạc Nhà nước hướng dẫn chi hoàn thuế, hạch toán hoàn thuế,thu hồi hoàn thuế giá trị gia tăng theo quy định tại Thông tư này.

4. Các nộidung khác không hướng dẫn tại Thông tư này được thực hiện theo quy định củapháp luật về thuế hiện hành.

5. Quá trìnhthực hiện, nếu các văn bản liên quan dẫn chiếu tại Thông tư này được sửa đổi,bổ sung hoặc thay thế thì thực hiện theo văn bản mới được sửa đổi, bổ sung hoặcthay thế.

Điều 32.Trách nhiệm thi hành

1. Tổng cụctrưởng Tổng cục Thuế ban hành quy trình hoàn thuế áp dụng thống nhất trongngành Thuế đúng quy định tại Luật Quản lý thuế, Luật Thuế giá trị gia tăng, LuậtGiao dịch điện tử, các văn bản hướng dẫn thi hành và hướng dẫn tại Thông tưnày; chỉ đạo, hướng dẫn triển khai và kiểm tra thực hiện tại cơ quan thuế các cấp.

2. Tổng cục Thuế thực hiện việcxây dựng cơ sở dữ liệu về hoàn thuế giá trị gia tăng, quy chế phối hợp công tácvà trao đổi thông tin với các cơ quan có liên quan và ứng dụng công nghệ thôngtin trong kết nối thông tin với các cơ quan, tổ chức, cá nhân có liên quan đểquản lý hoàn thuế giá trị gia tăng theo quy định tại Thông tư này.

3. Thủ trưởng cơ quan thuế, cơquan hải quan, Kho bạc nhà nước, Vụ Ngân sách nhà nước và các tổ chức, cá nhâncó liên quan có trách nhiệm hướng dẫn và tổ chức thực hiện theo nội dung Thôngtư này.

Trong quá trình thực hiện nếu cóvướng mắc, đề nghị các tổ chức, cá nhân phản ánh kịp thời về Bộ Tài chính đểnghiên cứu giải quyết./.

Nơi nhận:
- Văn phòng Trung ương và các Ban của Đảng;
- Văn phòng Quốc hội;
- Văn phòng Chủ tịch nước;
- Văn phòng Tổng Bí thư;
- Viện Kiểm sát nhân dân tối cao;
- Toà án nhân dân tối cao;
- Kiểm toán nhà nước;
- Các Bộ, cơ quan ngang Bộ,
cơ quan thuộc Chính phủ,
- Cơ quan Trung ương của các đoàn thể;
- Uỷ ban nhân dân, Sở Tài chính, Cục Thuế, Kho bạc nhà nước các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương;
- Công báo Chính phủ;
- Cục Kiểm tra văn bản (Bộ Tư pháp);
- Website Chính phủ;
- Website Bộ Tài chính; Website Tổng cục Thuế;
- Các đơn vị thuộc Bộ Tài chính;
- Lưu: VT, TCT.

KT. BỘ TRƯỞNG
THỨ TRƯỞNG




Đỗ Hoàng Anh Tuấn