Hướng dẫn hoàn thuế giá trị gia tăng (GTGT) với dự án đầu tư

1. Quy định pháp luật về hoàn thuế giá trị gia tăng 

Nghị định 49/2022/NĐ-CP được sửa đổi để bổ sung các quy định về điều kiện hoàn thuế giá trị gia tăng đối với dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh. Theo đó, để được hoàn thuế giá trị gia tăng , cơ sở kinh doanh cần đáp ứng các điều kiện sau:

Đã đăng ký kinh doanh và đăng ký nộp thuế giá trị gia tăng  theo phương pháp khấu trừ, bao gồm cả cơ sở kinh doanh mới thành lập từ dự án đầu tư;

Có dự án đầu tư mới tại địa bàn cùng tỉnh, thành phố hoặc khác tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính, đang trong giai đoạn đầu tư hoặc dự án tìm kiếm thăm dò và phát triển mỏ dầu khí đang trong giai đoạn đầu tư;

Có số thuế giá trị gia tăng  đầu vào của hàng hóa, dịch vụ phát sinh trong giai đoạn đầu tư lũy kế chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên.

- Ngoài ra, cơ sở kinh doanh ngành, nghề kinh doanh có điều kiện đầu tư cần đáp ứng các điều kiện sau để được hoàn thuế giá trị gia tăng :

Dự án đầu tư trong giai đoạn đầu tư, theo quy định của pháp luật đầu tư, pháp luật chuyên ngành đã được cơ quan nhà nước có thẩm quyền cấp giấy kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện theo một trong các hình thức: Giấy phép hoặc giấy chứng nhận hoặc văn bản xác nhận, chấp thuận;

Dự án đầu tư trong giai đoạn đầu tư, theo quy định của pháp luật đầu tư, pháp luật chuyên ngành chưa phải đề nghị cơ quan nhà nước có thẩm quyền cấp giấy kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện theo một trong các hình thức: Giấy phép hoặc giấy chứng nhận hoặc văn bản xác nhận, chấp thuận;

Dự án đầu tư theo quy định của pháp luật đầu tư, pháp luật chuyên ngành không phải có giấy kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện theo một trong các hình thức: Giấy phép hoặc giấy chứng nhận hoặc văn bản xác nhận, chấp thuận.

Cơ sở kinh doanh thực hiện kê khai thuế giá trị gia tăng  đối với dự án đầu tư và bù trừ số thuế giá trị gia tăng  đầu vào của dự án đầu tư với số thuế giá trị gia tăng  phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện. Sau khi bù trừ, nếu số thuế giá trị gia tăng đầu vào lũy kế của dự án đầu tư chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên thì sẽ được hoàn thuế giá trị gia tăng . Nếu dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh đã được cơ quan nhà nước có thẩm quyền thanh tra, kiểm tra hoặc kiểm toán thì cơ quan thuế có thể sử dụng kết quả của các hoạt động này để quyết định việc hoàn thuế giá trị gia tăng .

Nghị định 49/2022/NĐ-CP có hiệu lực từ ngày 12/09/2022. Tuy nhiên, quy định về hoàn thuế giá trị gia tăng đối với dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện đã được áp dụng từ ngày 01/07/2016. Nếu cơ sở kinh doanh đã bị thu hồi số thuế giá trị gia tăng của dự án đầu tư theo quy định tại điểm c khoản 2 Điều 10 Nghị định số 209/2013/NĐ-CP, thì cơ quan thuế sẽ điều chỉnh tiền thuế giá trị gia tăng, tiền chậm nộp, tiền phạt vi phạm hành chính về thuế (nếu có) và thực hiện bù trừ, hoàn nộp thừa theo quy định của pháp luật về quản lý thuế.

2. Hướng dẫn hoàn thuế giá trị gia tăng với dự án đầu tư 

- Cơ sở kinh doanh đang hoạt động thuộc đối tượng nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư (trừ trường hợp hướng dẫn tại Điểm c Khoản 3 Điều 18 Thông tư 219/2013/TTBTC và trừ dự án đầu tư xây dựng nhà để bán hoặc cho thuê mà không hình thành tài sản cố định) cùng tỉnh, thành phố, đang trong giai đoạn đầu tư thì cơ sở kinh doanh thực hiện kê khai riêng đối với dự án đầu tư và phải kết chuyển thuế giá trị gia tăng đầu vào của dự án đầu tư để bù trừ với việc kê khai thuế giá trị gia tăng của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện. Số thuế giá trị gia tăng được kết chuyển của dự án đầu tư tối đa bằng số thuế giá trị gia tăng phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh trong kỳ của cơ sở kinh doanh.

Sau khi bù trừ nếu số thuế giá trị gia tăng đầu vào của dự án đầu tư chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế giá trị gia tăng cho dự án đầu tư.

Sau khi bù trừ nếu số thuế giá trị gia tăng đầu vào của dự án đầu tư mà chưa được khấu trừ hết nhỏ hơn 300 triệu đồng thì kết chuyển vào số thuế giá trị gia tăng đầu vào của dự án đầu tư của kỳ kê khai tiếp theo.

Ví dụ: Công ty B có trụ sở chính tại Hải Phòng, tháng 7/2016, Công ty có dự án đầu tư tại Hải Phòng, dự án đang trong giai đoạn đầu tư, Công ty B thực hiện kê khai riêng thuế giá trị gia tăng đầu vào của dự án đầu tư này. Tháng 8/2016, số thuế giá trị gia tăng đầu vào của dự án đầu tư là 500 triệu đồng; số thuế giá trị gia tăng phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh mà Công ty đang thực hiện là 200 triệu đồng. Công ty B phải bù trừ 200 triệu đồng thuế giá trị gia tăng đầu vào của dự án đầu tư với số thuế phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện (200 triệu đồng). Vậy, kỳ tính thuế tháng 8/2016 Công ty B có số thuế giá trị gia tăng đầu vào của dự án đầu tư chưa được khấu trừ hết là 300 triệu đồng. Công ty B được xét hoàn thuế giá trị gia tăng cho dự án đầu tư

- Trường hợp cơ sở kinh doanh đang hoạt động thuộc đối tượng nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư mới (trừ trường hợp hướng dẫn tại Điểm c Khoản 3 Điều 18 Thông tư 219/2013/TT-BTC và trừ dự án đầu tư xây dựng nhà để bán hoặc cho thuê mà không hình thành tài sản cố định) tại địa bàn tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương khác với tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính, đang trong giai đoạn đầu tư chưa đi vào hoạt động, chưa đăng ký kinh doanh, chưa đăng ký thuế thì cơ sở kinh doanh lập hồ sơ khai thuế riêng cho dự án đầu tư đồng thời phải kết chuyển thuế giá trị gia tăng đầu vào của dự án đầu tư để bù trừ với việc kê khai thuế giá trị gia tăng của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện. Số thuế giá trị gia tăng được kết chuyển của dự án đầu tư tối đa bằng số thuế giá trị gia tăng phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh trong kỳ của cơ sở kinh doanh.

Sau khi bù trừ nếu số thuế giá trị gia tăng đầu vào của dự án đầu tư mới chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế giá trị gia tăng cho dự án đầu tư.

Sau khi bù trừ nếu số thuế giá trị gia tăng đầu vào của dự án đầu tư mới chưa được khấu trừ hết nhỏ hơn 300 triệu đồng thì kết chuyển vào số thuế giá trị gia tăng đầu vào của dự án đầu tư của kỳ kê khai tiếp theo.

Trường hợp cơ sở kinh doanh có quyết định thành lập các Ban Quản lý dự án hoặc chi nhánh đóng tại các tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương khác với tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính để thay mặt người nộp thuế trực tiếp quản lý một hoặc nhiều dự án đầu tư tại nhiều địa phương; Ban Quản lý dự án, chi nhánh có con dấu theo quy định của pháp luật, lưu giữ sổ sách chứng từ theo quy định của pháp luật về kế toán, có tài khoản gửi tại ngân hàng, đã đăng ký thuế và được cấp mã số thuế thì Ban Quản lý dự án, chi nhánh phải lập hồ sơ khai thuế, hoàn thuế riêng với cơ quan thuế địa phương nơi đăng ký thuế. Khi dự án đầu tư để thành lập doanh nghiệp đã hoàn thành và hoàn tất các thủ tục về đăng ký kinh doanh, đăng ký nộp thuế, cơ sở kinh doanh là chủ dự án đầu tư phải tổng hợp số thuế giá trị gia tăng phát sinh, số thuế giá trị gia tăng đã hoàn, số thuế giá trị gia tăng chưa được hoàn của dự án để bàn giao cho doanh nghiệp mới thành lập để doanh nghiệp mới thực hiện kê khai, nộp thuế.

Dự án đầu tư được hoàn thuế giá trị gia tăng theo quy định tại Khoản 2, Khoản 3 Điều 18 Thông tư 219/2013/TT-BTC là dự án đầu tư theo quy định của pháp luật về đầu tư.

- Cơ sở kinh doanh không được hoàn thuế giá trị gia tăng mà được kết chuyển số thuế chưa được khấu trừ của dự án đầu tư theo pháp luật về đầu tư sang kỳ tiếp theo đối với các trường hợp:

+ Dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh không góp đủ số vốn điều lệ như đã đăng ký theo quy định của pháp luật. Các hồ sơ đề nghị hoàn thuế dự án đầu tư nộp từ ngày 01/7/2016 của cơ sở kinh doanh nhưng tính đến ngày nộp hồ sơ không góp đủ số vốn điều lệ như đăng ký theo quy định của pháp luật thì không được hoàn thuế.

+ Dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện khi chưa đủ các điều kiện kinh doanh theo quy định của Luật đầu tư là dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện nhưng cơ sở kinh doanh chưa được cấp giấy phép kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện; chưa được cấp giấy chứng nhận đủ điều kiện kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện; chưa có văn bản của cơ quan nhà nước có thẩm quyền cho phép đầu tư kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện; hoặc chưa đáp ứng được điều kiện để thực hiện đầu tư kinh doanh có điều kiện mà không cần phải có xác nhận, chấp thuận dưới hình thức văn bản theo quy định của pháp luật về đầu tư.

+ Dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện không bảo đảm duy trì đủ điều kiện kinh doanh trong quá trình hoạt động là dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện nhưng trong quá trình hoạt động cơ sở kinh doanh bị thu hồi giấy phép kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện; bị thu hồi giấy chứng nhận đủ điều kiện kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện; bị thu hồi văn bản của cơ quan nhà nước có thẩm quyền về đầu tư kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện; hoặc trong quá trình hoạt động cơ sở kinh doanh không đáp ứng được điều kiện để thực hiện đầu tư kinh doanh có điều kiện theo quy định của pháp luật về đầu tư thì thời điểm không hoàn thuế giá trị gia tăng được tính từ thời điểm cơ sở kinh doanh bị thu hồi một trong các loại giấy tờ nêu trên hoặc từ thời điểm cơ quan nhà nước có thẩm quyền kiểm tra, phát hiện cơ sở kinh doanh không đáp ứng được các điều kiện về đầu tư kinh doanh có điều kiện.

+ Dự án đầu tư khai thác tài nguyên, khoáng sản được cấp phép từ ngày 01/7/2016 hoặc dự án đầu tư sản xuất sản phẩm hàng hóa mà tổng trị giá tài nguyên, khoáng sản cộng với chi phí năng lượng chiếm từ 51% giá thành sản phẩm trở lên theo dự án đầu tư.

Việc xác định tài nguyên, khoáng sản; trị giá tài nguyên, khoáng sản và thời điểm xác định trị giá tài nguyên, khoáng sản và chi phí năng lượng thực hiện theo hướng dẫn tại Khoản 23 Điều 4 Thông tư 219/2013/TT-BTC.

3. Hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng

Theo khoản 1 và điểm a khoản 2 Điều 28 Thông tư 80/2021/TT-BTC quy định hồ sơ hoàn thuế dự án đầu tư bao gồm:

- Giấy đề nghị hoàn trả khoản thu ngân sách nhà nước theo mẫu số 01/HT 

- Bản sao Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư hoặc Giấy chứng nhận đầu tư hoặc Giấy phép đầu tư đối với trường hợp phải làm thủ tục cấp giấy chứng nhận đăng ký đầu tư.

- Đối với dự án có công trình xây dựng: Bản sao Giấy chứng nhận quyền sử dụng đất hoặc quyết định giao đất hoặc hợp đồng cho thuê đất của cơ quan có thẩm quyền; giấy phép xây dựng.

- Bản sao Chứng từ góp vốn điều lệ.

- Bản sao Giấy phép kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện; Giấy chứng nhận đủ điều kiện kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện; Văn bản của cơ quan nhà nước có thẩm quyền cho phép đầu tư kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện theo quy định tại điểm c khoản 2 Điều 10 Nghị định số 209/2013/NĐ-CP ngày 18/12/2013 của Chính phủ (được sửa đổi, bổ sung tại Khoản 6 Điều 1 Nghị định số 100/2016/NĐ-CP ngày 01/7/2016 của Chính phủ.

- Bảng kê hoá đơn, chứng từ hàng hoá, dịch vụ mua vào theo mẫu số 01-1/HT ban hành kèm theo phụ lục I Thông tư 80/2021/TT-BTC, trừ trường hợp người nộp thuế đã gửi hóa đơn điện tử đến cơ quan thuế.

- Quyết định thành lập Ban Quản lý dự án, Quyết định giao quản lý dự án đầu tư của chủ dự án đầu tư, Quy chế tổ chức và hoạt động của chi nhánh hoặc Ban quản lý dự án đầu tư (nếu chi nhánh, Ban quản lý dự án thực hiện hoàn thuế).

Xem thêm: Hướng dẫn hoàn thuế GTGT với dự án đầu tư theo quy định mới

Công ty Luật Minh Khuê mong muốn gửi đến quý khách hàng những thông tin tư vấn hữu ích. Nếu quý khách hàng đang gặp phải bất kỳ vấn đề pháp lý nào hoặc có câu hỏi cần được giải đáp, hãy liên hệ với Tổng đài tư vấn pháp luật trực tuyến qua số hotline 1900.6162. Hoặc quý khách hàng gửi yêu cầu chi tiết qua email: lienhe@luatminhkhue.vn để được hỗ trợ và giải đáp thắc mắc nhanh chóng. Xin trân trọng cảm ơn sự hợp tác của quý khách hàng!