Kiểm dịch y tế biên giới là kiểm tra của cơ quan y tế ở vùng biên giới để phát hiện các bệnh dịch, giám sát các bệnh truyền nhiễm đối với người, các phương tiện vận tải khi nhập cảnh, xuất cảnh; những hành lí, hàng hoá, thùng chứa, bưu phẩm, bưu kiện khi nhập khẩu, xuất khẩu.

Kiểm dịch y tế biên giới bao gồm hai nội dung là kiểm tra y tế và giám sát bệnh truyền nhiễm. Kiểm tra y tế là việc thực hiện các biện pháp nghiệp vụ y tế đối với người, phương tiện vận tải và các đối tượng kiểm dịch khác trước khi nhập cảnh, xuất cảnh, nhập khẩu, xuất khẩu. Giám sát bệnh truyền nhiễm là điều tra, giám sát dịch tễ, huyết thanh, căn nguyên, triệu chứng lâm sàng và đánh giá khả năng phát triển, lây lan thành dịch của bệnh truyền nhiễm.

Kiểm dịch y tế biên giới được thực hiện theo quy định có liên quan của pháp luật trong nước và các điều ước quốc tế đã kí kết hay tham gia.

Bộ Y tế là cơ quan giúp Chính phủ thực hiện chức năng quản lí nhà nước về kiểm dịch y tế biên giới. Cục Kiểm dịch y tế biên giới (thuộc Bộ Y tế) có trách nhiệm triển khai hoạt động kiểm dịch y tế biên giới. Hệ thống cơ quan kiểm dịch y tế biên giới do Thủ tướng Chính phủ quy định.

Người, phương tiện vận tải và vật thể có khả năng mang bệnh, truyền bệnh từ vùng đang có hoặc lưu hành bệnh phải kiểm dịch, bệnh truyền nhiễm nguy hiểm khi nhập cảnh, xuất cảnh, nhập khẩu, xuất khẩu đều phải chịu sự giám sát của cơ quan kiểm dịch y tế biên giới tại cửa khẩu nơi nhập cảnh, xuất cảnh, nhập khẩu, xuất khẩu.

Trước khi làm thủ tục, cơ quan kiểm dịch y tế thông báo kịp thời cho các cơ quan kiểm dịch động vật, thực vật tại cửa khẩu biên giới phối hợp cùng tiến hành các thủ tục kiểm dịch của mỗi cơ quan để không làm ảnh hưởng đến nội dung kiểm dịch của từng ngành.

Khi phương tiện vận tải phải kiểm dịch thì mọi người trên phương tiện vận tải và những vật thể có khả năng mang bệnh trên phương tiện vận tải đó đều phải được kiểm dịch.

Kiểm dịch y tế biên giới là khái niệm chính thức được quy định trong hệ thống pháp luật Việt Nam từ Luật bảo vệ sức khoẻ nhân dân năm 1989 và được Chính phủ quy định chỉ tiết trong Điều lệ kiểm dịch y tế biên giới của nước Cộng hoà xã hội chủ nghĩa Việt Nam ban hành theo Nghị định số 41/1998/NĐ- CP ngày 11.6.1998.