Trả lời:

1. Cơ sở pháp lý

- Thông tư 219/2013/TT-BTC hướng dẫn về thuế giá trị gia tăng

- Thông tư 78/2014/TT-BTC Hướng dẫn thuế thu nhập doanh nghiệp

- Thông tư 96/2015/TT-BTC sửa đổi, bổ sung thông tư 78/2014/TT-BTC

2. Nội dung tư vấn:

Sản xuất, lai tạo giống cây trồng là một hoạt động được quan tâm trong ngành nông nghiệp khi hiện tại Việt Nam đang chủ trương phát triển nông nghiệp theo hướng ứng dụng khoa học - kỹ thuật tiên tiến, hiện đại.

Việc kinh doanh sản xuất, lai tạo giống cây trồng cũng được nhà nước ưu tiên đầu tư phát triển và đưa ra một số chính sách thuế có lợi cho người nộp thuế kinh doanh ngành nghề này. Cụ thể:

- Về thuế giá trị gia tăng:

Căn cứ theo khoản 2 Điều 4 thông tư 219/203/TT-BTC quy định về đối tượng không chịu thuế GTGT như sau:

>> Xem thêm:  Điều kiện chung đối với giống cây trồng được bảo hộ ?

"2. Sản phẩm là giống vật nuôi, giống cây trồng, bao gồm trứng giống, con giống, cây giống, hạt giống, cành giống, củ giống, tinh dịch, phôi, vật liệu di truyền ở các khâu nuôi trồng, nhập khẩu và kinh doanh thương mại. Sản phẩm giống vật nuôi, giống cây trồng thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT là sản phẩm do các cơ sở nhập khẩu, kinh doanh thương mại có giấy đăng ký kinh doanh giống vật nuôi, giống cây trồng do cơ quan quản lý nhà nước cấp. Đối với sản phẩm là giống vật nuôi, giống cây trồng thuộc loại Nhà nước ban hành tiêu chuẩn, chất lượng phải đáp ứng các điều kiện do nhà nước quy định."

Theo đó, khi kinh doanh sản phẩm là giống cây trồng, bao gồm: Cây giống, hạt giống, cành giống, củ giống, vật liệu di truyền ở các khâu nuôi trồng, nhập khẩu và kinh doanh thương mại sẽ thuộc đối tượng không chịu thuế giá trị gia tăng. 

Cơ sở kinh doanh phải có giấy đăng ký kin doanh giống cây trồng theo quy định của pháp luật.

Khi bán sản phẩm là giống cây trồng thuộc đối tượng không chịu thuế giá trị gia tăng, cơ sở kinh doanh lập hóa đơn đầy đủ và kê khai trên thuế giá trị gia tăng theo quy định.

- Về thuế thu nhập doanh nghiệp:

Điểm e khoản 3 Điều 18 thông tư 78/2014/TT-BTC sửa đổi bổ sung bởi khoản 4 Điều 11 Thông tư 96/2015/TT-BTC như sau:

"3.Thuế suất ưu đãi 10% trong suốt thời gian hoạt động áp dụng đối với:

e) Thu nhập của doanh nghiệp từ: trồng, chăm sóc, bảo vệ rừng; thu nhập từ trồng trọt, chăn nuôi, nuôi trồng, chế biến nông sản, thủy sản ở địa bàn kinh tế xã hội khó khăn; Nuôi trồng lâm sản ở địa bàn có điều kiện kinh tế xã hội khó khăn; Sản xuất, nhân và lai tạo giống cây trồng, vật nuôi; Sản xuất, khai thác và tinh chế muối trừ sản xuất muối quy định tại khoản 1 Điều 4 Nghị định số 218/2013/NĐ-CP; Đầu tư bảo quản nông sản sau thu hoạch, bảo quản nông, thủy sản và thực phẩm, bao gồm cả đầu tư để trực tiếp bảo quản hoặc đầu tư để cho thuê bảo quản nông sản, thủy sản và thực phẩm."

Căn cứ vào quy định trên, doanh nghiệp có hoạt động sản xuất, nhân và lai tạo giống cây trồng sẽ được hưởng thuế suất ưu đãi là 10% trong suốt thời gian hoạt động.

Thời gian hưởng thuế suất ưu đãi được tính liên tục từ năm đầu tiên doanh nghiệp có doanh thu từ dự án đầu tư mới được hưởng ưu đãi thuế.

Doanh nghiệp có dự án sản xuất, nhân và lai tạo giống cây trồng không được hưởng ưu đãi về thời gian miễn, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp, chỉ được hưởng ưu đãi thuế suất thuế thu nhập doanh nghiệp theo quy định nêu trên.

Như vậy, khi sản xuất, nhân và lai tạo giống cây trồng doanh nghiệp sẽ được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp là thuế suất 10% trong suốt thời gian hoạt động; thuế giá trị gia tăng thuộc đối tượng không chịu thuế.

Một số lưu ý khi hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp:

>> Xem thêm:  Đăng ký bảo hộ giống cây trồng và danh sách giống cây trồng được phép sản xuất, kinh doanh ở Việt Nam

- Các ưu đãi về thuế thu nhập doanh nghiệp chỉ áp dụng đối với doanh nghiệp thực hiện chế độ kế toán, hóa đơn, chứng từ và nộp thuế thu nhập doanh nghiệp theo kê khai.

- Trong thời gian đang được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp nếu doanh nghiệp thực hiện nhiều hoạt động sản xuất, kinh doanh thì doanh nghiệp phải tính riêng thu nhập từ hoạt động sản xuất, kinh doanh được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp (bao gồm mức thuế suất ưu đãi, mức miễn thuế, giảm thuế) và thu nhập từ hoạt động kinh doanh không được hưởng ưu đãi thuế để kê khai nộp thuế riêng.

- Trong cùng một kỳ tính thuế nếu có một khoản thu nhập thuộc diện áp dụng thuế suất thuế thu nhập doanh nghiệp ưu đãi và thời gian miễn thuế, giảm thuế theo nhiều trường hợp khác nhau thì doanh nghiệp tự lựa chọn một trong những trường hợp ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp có lợi nhất.

-Trong thời gian được ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp, nếu trong năm tính thuế mà doanh nghiệp không đáp ứng đủ một trong các điều kiện ưu đãi thuế quy định tại các Khoản 7, 8 và Khoản 12 Điều 1 Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật thuế thu nhập nghiệp doanh nghiệpvà quy định tại Điều 19 Nghị định số 218/2013/NĐ-CP thì doanh nghiệp không được hưởng ưu đãi trong năm tính thuế đó mà phải nộp thuế thu nhập doanh nghiệp theo mức thuế suất phổ thông và năm đó sẽ tính trừ vào thời gian được hưởng ưu đãi thuế của doanh nghiệp.

Bạn đang theo dõi bài viết được biên tập trên trang web của Luật Minh Khuê. Nếu có thắc mắc hay cần hỗ trợ tư vấn pháp luật từ các Luật sư, vui lòng liên hệ với chúng tôi qua Hotline: 1900.6162   để được hỗ trợ hiệu quả và tối ưu nhất.

Trân trọng./.

Chuyên viên tư vấn: Nguyễn Quỳnh - Bộ phận tư vấn luật thuế - Công ty luật MInh Khuê 

>> Xem thêm:  Đăng ký quyền đối với giống cây trồng được quy định như thế nào?