Căn cứ pháp lý:

- Luật Thuế thu nhập Doanh nghiệp 2008;

- Nghị định số 83/2013/NĐ-CP;

- Thông tư 156/2013/TT/BTC;

- Quyết định số 1966/QĐ-BTC;

1. Khái quát về Cục Thanh tra kiểm tra thuế trực thuộc Tổng cục Thuế 

Bộ trưởng Bộ Tài chính đã ký Quyết định số 1966/QĐ-BTC ngày 08/10/2021, Quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Cục Thanh tra - Kiểm tra thuế trực thuộc Tổng cục Thuế.

Theo đó, Cục Thanh tra - Kiểm tra thuế là đơn vị thuộc Tổng cục Thuế, có chức năng tham mưu giúp Tổng cục trưởng Tổng cục Thuế thực hiện quản lý Nhà nước về công tác thanh tra, kiểm tra trong toàn ngành Thuế; thực hiện chức năng thanh tra, kiểm tra thuế đối với người nộp thuế; thanh tra, kiểm tra giải quyết tố cáo về hành vi trốn thuế, gian lận thuế của người nộp thuế trong phạm vi quản lý Nhà nước của Tổng cục Thuế.

Cục Thanh tra - Kiểm tra thuế là đơn vị có tư cách pháp nhân và có con dấu riêng theo quy định của pháp luật và được tổ chức 05 phòng: Phòng Tổng hợp; Phòng Thanh tra - Kiểm tra thuế số 1; Phòng Thanh tra - Kiểm tra thuế số 2; Phòng Thanh tra - Kiểm tra thuế số 3; Phòng Thanh tra - Kiểm tra giá chuyển nhượng.

2. Chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn của Cục Thanh tra kiểm tra thuế -Tổng cục Thuế 

Quyết định cũng nêu rõ chức năng tham mưu, giúp Tổng cục trưởng Tổng cục Thuế các nhiệm vụ như:

Xây dựng chiến lược, kế hoạch dài hạn, trung hạn và hàng năm về công tác thanh tra, kiểm tra thuế.

Xây dựng kế hoạch thanh tra, kiểm tra thuế hàng năm của cơ quan Tổng cục Thuế; hướng dẫn, rà soát, tổng hợp trình Tổng cục trưởng Tổng cục Thuế phê duyệt kế hoạch thanh tra, kiểm tra thuế của các cục thuế.

Xây dựng các quy định, quy trình nghiệp vụ về công tác thanh tra, kiểm tra thuế, quy trình nhật ký điện tử, quy chế giám sát hoạt động của đoàn thanh tra, kiểm tra thuế.

Hướng dẫn, chỉ đạo, kiểm tra, giám sát cơ quan thuế các cấp triển khai thực hiện các văn bản quy phạm pháp luật, quy định, quy trình nghiệp vụ về công tác thanh tra, kiểm tra thuế, quy trình nhật ký điện tử, quy chế giám sát hoạt động của đoàn thanh tra, kiểm tra thuế.

Hướng dẫn, chỉ đạo, kiểm tra việc xây dựng kế hoạch thanh tra, kiểm tra thuế và tổng hợp kế hoạch thanh tra, kiểm tra thuế của ngành Thuế.

Tổ chức triển khai thực hiện theo thẩm quyền công tác thanh tra, kiểm tra thuế hàng năm: Thực hiện thanh tra, kiểm tra thuế theo kế hoạch đã được phê duyệt; thanh tra, kiểm tra thuế đột xuất; thanh tra, kiểm tra thuế chuyên đề và các hình thức thanh tra, kiểm tra thuế khác theo quy định của pháp luật.

Chỉ đạo ngành Thuế về công tác thanh tra, kiểm tra thuế đối với toàn bộ người nộp thuế, bao gồm cả người nộp thuế có dấu hiệu vi phạm pháp luật thuế, gian lận thuế, trốn thuế.

Chỉ đạo, theo dõi, phối hợp, kiểm tra, đôn đốc, tổng hợp báo cáo việc thực hiện các kết luận, kiến nghị về thuế của Kiểm toán Nhà nước, Thanh tra Chính phủ, Ban Chỉ đạo quốc gia chống buôn lậu, gian lận thương mại và hàng giả, cơ quan công an.

Tổ chức thanh tra lại kết quả thanh tra, kiểm tra thuế của cơ quan Thuế các cấp theo quy định của pháp luật.

Tổng hợp, theo dõi, rà soát kết luận thanh tra, kiểm tra thuế, quyết định xử lý về thuế trong toàn ngành Thuế.

Chỉ đạo, hướng dẫn, thực hiện giải quyết tố cáo về hành vi trốn thuế, gian lận thuế của người nộp thuế theo quy định của pháp luật.

Tổ chức xử lý theo thẩm quyền hoặc kiến nghị cơ quan Nhà nước có thẩm quyền xử lý đối với các hành vi vi phạm pháp luật trong lĩnh vực thuế. Kiến nghị với cơ quan Nhà nước có thẩm quyền đình chỉ việc thi hành, hoặc hủy bỏ những quy định trái với văn bản quy phạm pháp luật; kiến nghị sửa đổi bổ sung các chế độ, chính sách không còn phù hợp được phát hiện thông qua hoạt động thanh tra, kiểm tra thuế.

Trình cấp có thẩm quyền ban hành các văn bản hướng dẫn, giải đáp các vướng mắc về công tác thanh tra, kiểm tra trong toàn ngành Thuế.

Chủ trì và phối hợp với các đơn vị liên quan tổ chức thực hiện giám định tư pháp về thuế theo quy định của pháp luật.

Chủ trì về nghiệp vụ và phối hợp với các đơn vị có liên quan xây dựng các ứng dụng công nghệ thông tin phục vụ công tác thanh tra, kiểm tra của ngành Thuế và cơ sở dữ liệu về thanh tra, kiểm tra thuế đối với người nộp thuế thuộc lĩnh vực quản lý của ngành Thuế.

Chủ trì về nghiệp vụ và phối hợp với các đơn vị có liên quan xây dựng tiêu chí, biện pháp, kỹ thuật quản lý rủi ro thuộc lĩnh vực thanh tra, kiểm tra thuế; phân tích đánh giá mức độ tuân thủ pháp luật thuế của người nộp thuế phục vụ công tác thanh tra, kiểm tra thuế, xác định các lĩnh vực rủi ro, chỉ đạo cơ quan thuế các cấp thực hiện thanh tra, kiểm tra thuế; triển khai việc thu thập, xử lý, sử dụng thông tin từ người nộp thuế, cơ quan thuế và từ bên thứ ba thuộc lĩnh vực quản lý.

Tổ chức thực hiện hướng dẫn, tổng hợp, báo cáo, phân tích, đánh giá kết quả công tác thanh tra, kiểm tra thuế trong toàn ngành Thuế; nghiên cứu đề xuất các biện pháp nâng cao hiệu quả công tác thanh tra, kiểm tra thuế.

Phối hợp với các đơn vị có liên quan trong công tác đào tạo, bồi dưỡng kỹ năng nghiệp vụ thanh tra, kiểm tra thuế cho các công chức làm công tác thanh tra, kiểm tra.

Thực hiện quản lý công chức theo quy định của pháp luật, phân cấp quản lý cán bộ của Bộ Tài chính và Tổng cục Thuế.

Quyết định này có hiệu lực kể từ ngày 08/10/2021.

3. Phân biệt giữa kiểm tra và thanh tra thuế

3.1. Kiểm tra thuế

Được quy định tại Điều 60 đến điều 64 thông tư 156/2013/TT/BTC ngày 6/11/2013.

Mọi hồ sơ thuế gửi đến cơ quan thuế đều được kiểm tra tính đầy đủ, chính xác của các thông tin, tài liệu trong hồ sơ thuế nhằm đánh giá sự tuân thủ pháp luật về thuế của người nộp thuế. Việc kiểm tra thuế được thực hiện tại trụ sở cơ quan thuế hoặc tại trụ sở của người nộp thuế.

Nếu hết thời hạn theo thông báo của cơ quan thuế mà người nộp thuế không giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu; hoặc không khai bổ sung hồ sơ thuế; hoặc giải trình, khai bổ sung hồ sơ thuế nhưng không chứng minh được số thuế đã khai là đúng thì cơ quan thuế thực hiện ấn định số thuế phải nộp và thông báo cho người nộp thuế biết hoặc ra quyết định kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế nếu không đủ căn cứ để ấn định số thuế phải nộp. 

Các trường hợp kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế được quy định cụ thể tại Nghị định số 83/2013/NĐ-CP, cụ thể là:

Kiểm tra đối với trường hợp quy định tại các Điểm c, d Khoản 3 Điều 77 của Luật Quản lý thuế.

- Kiểm tra đối với trường hợp qua phân tích, đánh giá việc chấp hành pháp luật về thuế của người nộp thuế xác định có dấu hiệu vi phạm pháp luật.

- Các trường hợp kiểm tra trước, hoàn thuế sau và kiểm tra sau hoàn thuế theo quy định.

- Kiểm tra đối với các trường hợp được lựa chọn theo kế hoạch, chuyên đề do Thủ trưởng cơ quan quản lý thuế cấp trên quyết định trên cơ sở áp dụng quản lý rủi ro về thuế.

Đối với người nộp thuế XNK, việc kiểm tra sau thông quan về thuế gồm:

a) Kiểm tra đối với trường hợp quy định tại Điểm d Khoản 3 Điều 77 của Luật Quản lý thuế;

b) Kiểm tra khi có dấu hiệu vi phạm pháp luật về thuế;

c) Kiểm tra theo kế hoạch để đánh giá việc tuân thủ pháp luật của người nộp thuế;

d) Kiểm tra theo chuyên đề do Thủ trưởng cơ quan hải quan cấp trên quyết định trên cơ sở phân tích, đánh giá rủi ro quản lý về hải quan.

Xử lý kết quả kiểm tra thuế: Kiểm tra thuế thấy bằng chứng vi phạm pháp luật thuế thì:

- Phải xử lý về thuế, xử phạt vi phạm hành chính

- Chuyển hồ sơ sang bộ phận thanh tra thuế và bổ sung vào kế hoạch thanh tra nếu có dấu hiệu trốn thuế, gian lận thuế.

3.2. Thanh tra thuế

Được quy định tại Điều 65 đến điều 69 thông tư 156/2013/TT/BTC ngày 6/11/2013.

Các trường hợp thanh tra như sau:

- Đối với doanh nghiệp có ngành nghề kinh doanh đa dạng, phạm vi kinh doanh rộng thì thanh tra định kỳ một năm không quá một lần.

- Khi có dấu hiệu vi phạm pháp luật về thuế.

- Để giải quyết khiếu nại, tố cáo hoặc theo yêu cầu của thủ trưởng cơ quan quản lý thuế các cấp hoặc Bộ trưởng Bộ Tài chính.

Quyết định thanh tra thuế phải có các nội dung như sau:

- Căn cứ pháp lý để thanh tra;

- Đối tượng thanh tra;

- Nội dung, phạm vi, nhiệm vụ thanh tra;

- Thời hạn tiến hành thanh tra;

- Trưởng đoàn thanh tra và các thành viên khác của đoàn thanh tra.

Khi thực hiện thanh tra thuế, Đoàn thanh tra thuế phải có tối thiểu một thành viên là thanh tra viên thuế. Quyết định thanh tra thuế phải được gửi cho đối tượng thanh tra chậm nhất là ba ngày làm việc, kể từ ngày ký. 

Quyền hạn và nhiệm vụ của trưởng đoàn thanh tra thuế và các thành viên được quy định tại Luật Thanh tra.

4. Quyền hạn, trách nhiệm của cơ quan thuế về thanh tra, kiểm tra

Quyền hạn trách nhiệm của cơ quan Thuế

Kiểm tra, thanh tra việc kê khai thuế, nộp thuế, quyết toán thuế của cơ sở kinh doanh, bảo đảm thực hiện đúng quy định của pháp luật.

Thực hiện thanh tra, kiểm tra của cơ quan thuế tại cơ sở kinh doanh

- Thông báo quyết định thanh tra, kiểm tra:

Quyết định thanh tra, kiểm tra phải được thông báo cho cơ sở kinh doanh ít nhất 7 ngày (đối với thanh tra) và ít nhất 3 ngày (đối với kiểm tra) trước khi tiến hành kiểm tra, thanh tra trừ trường hợp thanh tra, kiểm tra bất thường khi có vi phạm pháp luật xảy ra.

- Thời hạn thanh tra, kiểm tra:

+ Thời hạn mỗi cuộc thanh tra tối đa là 30 ngày, mỗi cuộc kiểm tra tối đa là 5 ngày; kể từ ngày công bố quyết định thanh tra kiểm tra tại doanh nghiệp. Trường hợp đặc biệt có thể gia hạn; thời hạn gia hạn không vượt quá thời hạn quy định cho mỗi cuộc thanh tra, kiểm tra.

+ Thực hiện quyết định thanh tra, kiểm tra: Đoàn thanh tra; kiểm tra phải thực hiện đúng yêu cầu, nội dung, thời hạn đã ghi trong quyết định thanh tra, kiểm tra.

- Kết thúc thanh tra, kiểm tra:

+ Đối với kiểm tra: Chậm nhất là 3 ngày, kể từ ngày hết thời hạn quy định kiểm tra; cơ quan thuế phải có văn bản kết luận về những nội dung đã kiểm tra; và gửi cho doanh nghiệp được kiểm tra.

+ Đối với thanh tra: trong thời hạn quy định về thanh tra; Đoàn thanh tra phải công bố dự thảo kết luận thanh tra. Chậm nhất 20 ngày kể từ ngày công bố dự thảo kết luận thanh tra; Đoàn thanh tra phải có văn bản kết luận chính thức những nội dung đã thanh tra; và gửi cho doanh nghiệp được thanh tra.

5. Về phía đối tượng nộp thuế

5.1. Quy định của Pháp luật

Theo Điều 14 Luật thuế thu nhập doanh nghiệp, Điều 15 Luật thuế GTGT và các Luật thuế, Pháp luật thuế hiện hành thì:

- Trách nhiệm của cơ sở kinh doanh trong việc thực hiện quyết toán với cơ quan thuế:

+ Cơ sở kinh doanh phải thực hiện tự quyết toán thuế hàng năm; và quyết toán thuế trong trường hợp sáp nhập, hợp nhất, chia, tách, giải thể, phá sản với cơ quan thuế; và tự chịu trách nhiệm về tính chính xác; trung thực của tờ khai quyết toán thuế của mình.

+ Trong thời hạn 60 ngày (đối với thuế GTGT); 90 ngày (đối với thuế TNDN) kể từ khi kết thúc năm dương lịch và 45 ngày kể từ ngày có quyết định sáp nhập; hợp nhất; chia tách; giải thể; phá sản; chuyển đổi sở hữu; giao bán khoán; cho thuê doanh nghiệp nhà nước thì cơ sở kinh doanh phải nộp quyết toán thuế; và báo cáo kế toán năm cho cơ quan thuế; và phải nộp đủ số thuế còn thiếu vào ngân sách nhà nước trong thời hạn 10 ngày; kể từ ngày nộp báo cáo quyết toán; nếu nộp thừa thì được trừ vào số thuế phải nộp của kỳ tiếp theo.

- Trách nhiệm của cơ sở kinh doanh thuộc đối tượng được hoàn thuế:

+ Lập hồ sơ đề nghị hoàn thuế đầy đủ theo quy định tại mục II; phần D Thông tư số 120/2003/TT-BTC ngày 12/12/2003 của Bộ tài chính hướng dẫn thi hành Nghị định số 158/2003/NĐ-CP; ngày 10/12/2003 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành Luật thuế GTGT; và Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật thuế GTGT gửi cho cơ quan Thuế; hồ sơ hoàn thuế phải kê khai đúng; trung thực và phải chịu trách nhiệm trước pháp luật về số liệu kê khai.

+ Bổ sung hoặc giải trình theo yêu cầu của cơ quan thuế trong trường hợp hồ sơ không rõ ràng, không đầy đủ.

+ Lưu giữ đầy đủ tại cơ sở các hồ sơ khác liên quan đến hoàn thuế, khấu trừ thuế; cung cấp đầy đủ hoá đơn, chứng từ và hồ sơ có liên quan làm cơ sở xác định số thuế GTGT được hoàn; khi cơ quan thuế yêu cầu thanh tra hoàn thuế tại cơ sở.

5.2. Quyền lợi của doanh nghiệp bị thanh tra

- Từ chối việc thanh tra, kiểm tra khi không có quyết định

- Kiến nghị, giải trình về những nội dung thanh tra, kiểm tra.

- Được nhận kết luận thanh tra, kiểm tra.

- Khiếu nại, tố cáo theo qui định của pháp luật về các việc làm trái pháp luật; trong quá trình thanh tra, kiểm tra đối với các doanh nghiệp.