Công ty chuyển nhượng quyền sử dụng đất có phải xuất hóa đơn không?

 Không ít doanh nghiệp khi thực hiện chuyển nhượng quyền sử dụng đất thường cho rằng, do đây là giao dịch không chịu thuế giá trị gia tăng nên không cần xuất hóa đơn. Quan điểm này tưởng chừng hợp lý nhưng lại tiềm ẩn nhiều rủi ro về thuế và kế toán. Trên thực tế, quy định pháp luật về hóa đơn được xây dựng dựa trên bản chất của giao dịch có phát sinh doanh thu, chứ không phụ thuộc hoàn toàn vào việc có chịu thuế hay không. Vậy trong trường hợp cụ thể, doanh nghiệp chuyển nhượng quyền sử dụng đất có phải xuất hóa đơn không, và nếu có thì thực hiện như thế nào cho đúng? Bài viết dưới đây sẽ làm rõ vấn đề này dưới góc độ pháp lý và thực tiễn áp dụng.

1. Công ty chuyển nhượng quyền sử dụng đất có phải xuất hóa đơn giá trị gia tăng không?

Nhiều doanh nghiệp khi thực hiện chuyển nhượng quyền sử dụng đất thường băn khoăn liệu giao dịch này có phải xuất hóa đơn giá trị gia tăng (VAT) hay không, và nếu có thì ghi nhận như thế nào. Trước hết, cần khẳng định rõ về bản chất thuế. Theo khoản 7 Điều 5 Luật Thuế giá trị gia tăng năm 2024, chuyển quyền sử dụng đất thuộc đối tượng không chịu thuế giá trị gia tăng. Điều này có nghĩa là khi doanh nghiệp chuyển nhượng quyền sử dụng đất thì không phải tính và nộp thuế VAT đối với phần giá trị quyền sử dụng đất.

Việc không chịu thuế VAT không đồng nghĩa với việc không cần lập hóa đơn. Theo nguyên tắc tại Điều 4 Nghị định 123/2020/NĐ-CP:

1. Khi bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ, người bán phải lập hóa đơn để giao cho người mua (bao gồm cả các trường hợp hàng hóa, dịch vụ dùng để khuyến mại, quảng cáo, hàng mẫu; hàng hóa, dịch vụ dùng để cho, biếu, tặng, trao đổi, trả thay lương cho người lao động và tiêu dùng nội bộ (trừ hàng hóa luân chuyển nội bộ để tiếp tục quá trình sản xuất); xuất hàng hóa dưới các hình thức cho vay, cho mượn hoặc hoàn trả hàng hóa) và các trường hợp lập hóa đơn theo quy định tại Điều 19 Nghị định này. Hóa đơn phải ghi đầy đủ nội dung theo quy định tại Điều 10 Nghị định này. Trường hợp sử dụng hóa đơn điện tử phải theo định dạng chuẩn dữ liệu của cơ quan thuế theo quy định tại Điều 12 Nghị định này.

Về cách thể hiện trên hóa đơn, điểm b khoản 6 Điều 10 Nghị định 123/2020/NĐ-CP quy định hóa đơn phải thể hiện thuế suất thuế giá trị gia tăng tương ứng với từng loại hàng hóa, dịch vụ.

b) Thuế suất thuế giá trị gia tăng: Thuế suất thuế giá trị gia tăng thể hiện trên hóa đơn là thuế suất thuế giá trị gia tăng tương ứng với từng loại hàng hóa, dịch vụ theo quy định của pháp luật về thuế giá trị gia tăng.

Đối với các trường hợp không chịu thuế, doanh nghiệp không ghi mức thuế suất như 0%, 5% hay 10%, mà phải thể hiện rõ là “không chịu thuế GTGT”, thường được ký hiệu là “KCT” theo hướng dẫn tại Phụ lục 5 ban hành kèm theo Quyết định 1450/QĐ-TCT năm 2021 (đã được sửa đổi, bổ sung bởi Quyết định 1510/QĐ-TCT năm 2022).

Như vậy, có thể hiểu một cách đơn giản: khi công ty chuyển nhượng quyền sử dụng đất thì không phải nộp thuế VAT, nhưng vẫn bắt buộc phải xuất hóa đơn. Trên hóa đơn, phần thuế suất không để trống mà phải ghi rõ là không chịu thuế (KCT) để đảm bảo đúng quy định pháp luật về hóa đơn và thuế.

2. Cách xuất hóa đơn chuyển nhượng quyền sử dụng đất đúng quy định

Trong thực tế, khi doanh nghiệp thực hiện chuyển nhượng bất động sản, một trong những vấn đề quan trọng nhất là xác định đúng giá trị ghi trên hóa đơn và cách tách phần giá trị quyền sử dụng đất với phần tài sản gắn liền với đất. Đây là nội dung có ý nghĩa trực tiếp đến nghĩa vụ thuế và cũng là căn cứ để cơ quan thuế kiểm tra, đối chiếu sau này.

Về cách xuất hóa đơn đúng quy định, cần thực hiện theo các nguyên tắc sau:

Thứ nhất, thời điểm lập hóa đơn. Theo khoản 4 Điều 9 Nghị định 123/2020/NĐ-CP, đối với hoạt động chuyển nhượng bất động sản, thời điểm lập hóa đơn là thời điểm chuyển giao quyền sở hữu, quyền sử dụng cho người mua, không phụ thuộc vào việc đã thu tiền hay chưa. Trong thực tế, thời điểm này thường gắn với thời điểm công chứng hợp đồng hoặc thời điểm đăng ký sang tên tại cơ quan có thẩm quyền.

Thứ hai, nội dung hóa đơn. Khi lập hóa đơn điện tử, doanh nghiệp phải thể hiện rõ: 

• Tên hàng hóa/dịch vụ: “Chuyển nhượng quyền sử dụng đất” (có thể ghi rõ thửa đất, diện tích, vị trí… theo hợp đồng);
• Giá tính thuế: là giá chuyển nhượng thực tế;
• Thuế suất GTGT: ghi “không chịu thuế GTGT”,  thể hiện trên hóa đơn với ký hiệu “KCT”;
• Tiền thuế GTGT: gạch bỏ hoặc ghi “0” theo đúng bản chất không chịu thuế.

Trường hợp chuyển nhượng bất động sản bao gồm cả đất và tài sản gắn liền với đất (như nhà ở, công trình xây dựng) thì phải tách riêng:

• Phần giá trị quyền sử dụng đất: không chịu thuế GTGT;
• Phần giá trị nhà, công trình: chịu thuế GTGT theo mức thuế suất tương ứng (thông thường là 10%). Đây là yêu cầu bắt buộc để tránh sai sót trong kê khai thuế.

Trong trường hợp hợp đồng không tách rõ, cơ quan thuế có quyền căn cứ vào bảng giá đất, giá trị xây dựng hoặc hồ sơ định giá để xác định lại giá trị từng phần. Điều này có thể dẫn đến việc bị ấn định thuế, làm tăng nghĩa vụ tài chính của doanh nghiệp so với kê khai ban đầu.

Thứ ba, căn cứ xác định giá tính thuế. Giá chuyển nhượng ghi trên hóa đơn phải phù hợp với giá trên hợp đồng và không được thấp hơn giá do UBND cấp tỉnh quy định (bảng giá đất) trong trường hợp cơ quan thuế có căn cứ xác định việc kê khai không trung thực. Nếu kê khai giá thấp hơn thực tế nhằm giảm nghĩa vụ thuế, doanh nghiệp có thể bị ấn định thuế và xử phạt vi phạm hành chính theo Luật Quản lý thuế 2019.

Thứ tư, hạch toán và kê khai thuế. Mặc dù không chịu thuế GTGT, khoản thu từ chuyển nhượng quyền sử dụng đất vẫn phải:

• Kê khai vào chỉ tiêu hàng hóa, dịch vụ không chịu thuế GTGT trên tờ khai;
• Tính vào doanh thu để xác định thu nhập chịu thuế thu nhập doanh nghiệp theo quy định tại Luật Thuế TNDN.

Cuối cùng, cần lưu ý về hồ sơ chứng từ đi kèm. Việc xuất hóa đơn phải dựa trên đầy đủ hồ sơ pháp lý như: hợp đồng chuyển nhượng đã công chứng, giấy chứng nhận quyền sử dụng đất, chứng từ thanh toán, biên bản bàn giao… Đây là căn cứ quan trọng để chứng minh tính hợp pháp của giao dịch khi cơ quan thuế kiểm tra.

Tóm lại, khi chuyển nhượng quyền sử dụng đất, doanh nghiệp bắt buộc phải lập hóa đơn, dù thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT. Việc lập hóa đơn phải đúng thời điểm, đúng nội dung, tách bạch rõ các khoản chịu và không chịu thuế (nếu có), đồng thời đảm bảo tính trung thực về giá trị giao dịch để tránh rủi ro pháp lý và thuế.

3. Phân biệt xuất hóa đơn khi công ty chuyển nhượng đất với với các trường hợp khác

Việc phân biệt xuất hóa đơn khi chuyển nhượng quyền sử dụng đất của công ty với các trường hợp đặc thù như doanh nghiệp kinh doanh bất động sản và cá nhân chuyển nhượng đất có ý nghĩa quan trọng trong thực tiễn, bởi mỗi chủ thể chịu sự điều chỉnh khác nhau về nghĩa vụ lập hóa đơn, kê khai thuế và cách xác định doanh thu.

Đối với công ty không hoạt động chuyên kinh doanh bất động sản nhưng phát sinh giao dịch chuyển nhượng quyền sử dụng đất, pháp luật xác định đây vẫn là hoạt động bán hàng hóa, dịch vụ. Theo Điều 4 và Điều 9 Nghị định 123/2020/NĐ-CP, doanh nghiệp bắt buộc phải lập hóa đơn điện tử khi chuyển nhượng. Tuy nhiên, theo khoản 10 Điều 4 Luật Thuế GTGT, giá trị quyền sử dụng đất thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT, do đó trên hóa đơn phải ghi rõ “không chịu thuế GTGT”. Khoản thu này vẫn được tính vào doanh thu để xác định thu nhập chịu thuế thu nhập doanh nghiệp theo Luật Thuế TNDN. Nói cách khác, doanh nghiệp vẫn xuất hóa đơn nhưng không tính thuế GTGT đối với phần giá trị đất.

3.1. Xuất hóa đơn của doanh nghiệp bất động sản

Đối với doanh nghiệp kinh doanh bất động sản (ví dụ: công ty địa ốc, đầu tư dự án), việc xuất hóa đơn có tính chất phức tạp hơn do hoạt động mang tính thường xuyên, chuyên nghiệp và thường bao gồm nhiều cấu phần (đất + hạ tầng + nhà ở/công trình). Theo quy định tại Luật Thuế GTGT và các văn bản hướng dẫn, doanh nghiệp bất động sản khi chuyển nhượng phải lập hóa đơn cho toàn bộ giá trị giao dịch, nhưng cần tách riêng phần giá đất được trừ để không tính thuế GTGT. Cụ thể:

• Phần giá trị quyền sử dụng đất (bao gồm tiền sử dụng đất, tiền thuê đất phải nộp ngân sách nhà nước) không chịu thuế GTGT;
• Phần giá trị xây dựng, hạ tầng, nhà ở phải chịu thuế GTGT (thông thường là 10% căn cứ Điều 3 và khoản 3 Điều 9 Luật Thuế giá trị gia tăng 2024, theo Điều 1 Nghị định 174/2025/NĐ-CP quy định thì được giảm thuế GTGT 2% đến hết năm 2026 ).

Ngoài ra, thời điểm lập hóa đơn trong kinh doanh bất động sản có thể gắn với tiến độ thu tiền theo hợp đồng (trường hợp bán nhà hình thành trong tương lai), theo quy định tại khoản 2 Điều 9 Nghị định 123/2020/NĐ-CP. Điều này khác với giao dịch chuyển nhượng đất thông thường (thường lập hóa đơn tại thời điểm chuyển quyền).

3.2. Xuất hóa đơn cá nhân chuyển nhượng quyền sử dụng đất

Đối với cá nhân chuyển nhượng quyền sử dụng đất, bản chất pháp lý hoàn toàn khác. Cá nhân không phải là đối tượng áp dụng chế độ hóa đơn theo Nghị định 123/2020/NĐ-CP (trừ trường hợp cá nhân kinh doanh có đăng ký). Do đó:

• Cá nhân không phải xuất hóa đơn khi chuyển nhượng đất;
• Nghĩa vụ tài chính được thực hiện thông qua việc kê khai và nộp thuế thu nhập cá nhân (thường là 2% trên giá chuyển nhượng) theo Luật Thuế TNCN và lệ phí trước bạ theo quy định;
• Cơ sở pháp lý của giao dịch là hợp đồng chuyển nhượng được công chứng và hồ sơ đăng ký sang tên tại cơ quan đăng ký đất đai, không phải hóa đơn.

4. Không xuất hóa đơn khi chuyển nhượng đất bị xử lý thế nào?

Việc không xuất hóa đơn, xuất hóa đơn sai thời điểm hoặc ghi nhận không đúng nội dung trong giao dịch chuyển nhượng quyền sử dụng đất có thể dẫn đến nhiều rủi ro pháp lý nghiêm trọng, không chỉ về thuế mà còn liên quan đến trách nhiệm hành chính và hình sự.

Về xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực hóa đơn, theo Điều 24 Nghị định 125/2020/NĐ-CP (được sửa đổi, bổ sung bởi Nghị định 102/2021/NĐ-CP), hành vi không lập hóa đơn khi bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ có thể bị phạt tiền từ 10.000.000 đồng đến 20.000.000 đồng. Ngoài ra, người vi phạm còn bị buộc lập hóa đơn bổ sung cho giao dịch đã phát sinh. Đây là chế tài áp dụng trực tiếp đối với hành vi không xuất hóa đơn, không phụ thuộc vào việc giao dịch đó có chịu thuế GTGT hay không.

Theo Luật Quản lý thuế 2019, nếu cơ quan thuế phát hiện doanh nghiệp không ghi nhận doanh thu từ chuyển nhượng quyền sử dụng đất, họ có quyền ấn định thuế (Điều 50) và truy thu các khoản thuế liên quan như thuế thu nhập doanh nghiệp. Đồng thời, người nộp thuế có thể bị xử phạt về hành vi khai sai dẫn đến thiếu số thuế phải nộp, với mức phạt 20% số thuế thiếu (Điều 16 Nghị định 125/2020/NĐ-CP), kèm theo tiền chậm nộp tính theo ngày.

Trong trường hợp hành vi không xuất hóa đơn gắn với việc cố ý che giấu doanh thu nhằm trốn thuế, thì không chỉ dừng lại ở xử phạt hành chính. Khi đủ yếu tố cấu thành, cá nhân hoặc người đại diện doanh nghiệp có thể bị xử lý hình sự về tội trốn thuế theo Điều 200 Bộ luật Hình sự 2015 (sửa đổi, bổ sung 2017). Mức xử lý có thể từ phạt tiền lớn đến phạt tù, tùy theo số tiền trốn thuế và tính chất, mức độ vi phạm.

Ngoài ra, việc không xuất hóa đơn còn gây ra hệ lụy pháp lý trong giao dịch dân sự và kế toán, như: không có căn cứ hợp lệ để ghi nhận doanh thu, chi phí; khó chứng minh tính hợp pháp của giao dịch khi xảy ra tranh chấp; rủi ro bị loại chi phí hoặc không được công nhận doanh thu hợp lệ khi quyết toán thuế.

Tóm lại, mặc dù chuyển nhượng quyền sử dụng đất thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT, nhưng nghĩa vụ lập hóa đơn vẫn là bắt buộc. Việc không xuất hóa đơn có thể bị phạt hành chính từ 10–20 triệu đồng, bị truy thu thuế, phạt chậm nộp, thậm chí bị xử lý hình sự nếu có dấu hiệu trốn thuế.

5. Các sai lầm phổ biến khi xuất hóa đơn chuyển nhượng đất

Trong thực tiễn áp dụng pháp luật thuế và hóa đơn, việc xuất hóa đơn khi chuyển nhượng quyền sử dụng đất thường phát sinh nhiều sai sót do nhầm lẫn giữa quy định “không chịu thuế GTGT” và nghĩa vụ lập hóa đơn, cũng như do đặc thù phức tạp của giao dịch bất động sản. Các sai lầm này không chỉ dẫn đến rủi ro bị ấn định thuế mà còn có thể bị xử phạt vi phạm hành chính, cụ thể: 

- Không lập hóa đơn khi chuyển nhượng quyền sử dụng đất

Sai lầm phổ biến đầu tiên là không lập hóa đơn khi chuyển nhượng quyền sử dụng đất với lý do “đất không chịu thuế GTGT”. Đây là cách hiểu sai bản chất pháp lý. Theo khoản 10 Điều 4 Luật Thuế GTGT 2008 (sửa đổi, bổ sung), chuyển nhượng quyền sử dụng đất thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT, nhưng theo Điều 4 và Điều 9 Nghị định 123/2020/NĐ-CP, mọi hoạt động bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ (bao gồm chuyển nhượng bất động sản) đều phải lập hóa đơn. Việc không xuất hóa đơn có thể bị xử phạt về hành vi không lập hóa đơn khi bán hàng hóa, dịch vụ.

- Ghi sai thuế suất và tiền thuế GTGT 

Sai lầm thứ hai là ghi sai thuế suất và tiền thuế GTGT trên hóa đơn. Nhiều doanh nghiệp vẫn áp dụng thuế suất 10% cho toàn bộ giá trị chuyển nhượng đất, hoặc ngược lại ghi “0%” thay vì “không chịu thuế”. Cần phân biệt rõ: “0%” là thuế suất áp dụng cho hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu; còn chuyển nhượng quyền sử dụng đất là đối tượng không chịu thuế, do đó trên hóa đơn phải ghi đúng bản chất này. Việc ghi sai có thể dẫn đến kê khai thuế sai và bị truy thu, xử phạt.

- Không tách riêng giá trị

Sai lầm thứ ba là không tách riêng giá trị quyền sử dụng đất và tài sản gắn liền với đất trong trường hợp chuyển nhượng bất động sản có nhà ở, công trình. Theo quy định của pháp luật thuế GTGT, chỉ phần giá trị quyền sử dụng đất là không chịu thuế, còn phần giá trị xây dựng, hạ tầng phải chịu thuế GTGT (thông thường 10%). Nếu doanh nghiệp không tách bạch mà gộp chung sẽ dẫn đến kê khai sai thuế, có thể bị cơ quan thuế ấn định lại nghĩa vụ thuế phải nộp.

- Sai thời điểm lập hóa đơn

Sai lầm thứ tư là xác định sai thời điểm lập hóa đơn. Theo khoản 4 Điều 9 Nghị định 123/2020/NĐ-CP, thời điểm lập hóa đơn đối với chuyển nhượng bất động sản là thời điểm chuyển giao quyền sử dụng đất. Tuy nhiên, nhiều doanh nghiệp lại lập hóa đơn tại thời điểm thu tiền hoặc chậm lập sau khi đã hoàn tất thủ tục sang tên. Việc lập hóa đơn sai thời điểm có thể bị xử phạt hành chính theo quy định về hóa đơn, đồng thời làm sai lệch kỳ kê khai thuế.

- Khai giá chuyển nhượng thấp hơn thực tế

Sai lầm thứ năm là kê khai giá chuyển nhượng thấp hơn thực tế trên hóa đơn nhằm giảm nghĩa vụ thuế. Đây là hành vi tiềm ẩn rủi ro pháp lý nghiêm trọng. Theo Luật Quản lý thuế 2019, cơ quan thuế có quyền ấn định thuế nếu phát hiện giá giao dịch không phù hợp với giá thị trường hoặc có dấu hiệu gian lận. Trường hợp nghiêm trọng, hành vi này còn có thể bị xử lý về tội trốn thuế theo Bộ luật Hình sự.

- Thiếu hồ sơ, chứng từ

Sai lầm thứ sáu là thiếu hồ sơ, chứng từ làm căn cứ xuất hóa đơn. Một số doanh nghiệp lập hóa đơn nhưng không có đầy đủ hợp đồng chuyển nhượng công chứng, biên bản bàn giao, chứng từ thanh toán… Điều này vi phạm nguyên tắc lập hóa đơn phải có căn cứ giao dịch thực tế, đồng thời gây khó khăn khi cơ quan thuế kiểm tra, đối chiếu.

- Nhầm lẫn giữa nghĩa vụ

Cuối cùng, một sai lầm đáng lưu ý là nhầm lẫn giữa nghĩa vụ của doanh nghiệp và cá nhân. Có trường hợp cá nhân chuyển nhượng đất nhưng lại nghĩ phải xuất hóa đơn, hoặc doanh nghiệp lại áp dụng cơ chế kê khai thuế như cá nhân. Trên thực tế, chỉ doanh nghiệp, tổ chức kinh tế mới có nghĩa vụ lập hóa đơn; cá nhân chuyển nhượng đất thực hiện nghĩa vụ thuế thông qua kê khai thuế thu nhập cá nhân, không sử dụng hóa đơn.

Kết luận

 Từ những phân tích trên có thể thấy, việc xuất hóa đơn khi chuyển nhượng quyền sử dụng đất là nghĩa vụ bắt buộc đối với doanh nghiệp. Việc hiểu sai hoặc thực hiện không đúng quy định không chỉ dẫn đến nguy cơ bị xử phạt hành chính mà còn ảnh hưởng đến tính minh bạch trong hoạt động tài chính, kế toán của doanh nghiệp. Do đó, các tổ chức cần chủ động nắm vững quy định pháp luật, thực hiện lập hóa đơn đúng thời điểm, đúng nội dung để đảm bảo an toàn pháp lý và hạn chế tối đa các rủi ro về thuế.

Mọi vướng mắc pháp lý vui lòng liên hệ Luật sư tư vấn pháp luật trực tuyến qua điện thoại gọi: 1900.6162 để được đội ngũ luật sư giàu kinh nghiệm của Công ty luật Minh Khuê tư vấn, giải đáp chi tiết. Chúng tôi rất hân hạnh khi nhận được sự hợp tác của quý khách hàng. Xin chân thành cảm ơn!