Hướng dẫn hoàn thuế dự án đầu tư đã phát sinh doanh thu

1. Điều kiện nào để dự án đầu tư được hoàn thuế GTGT?

Theo quy định tại khoản 2 Điều 10 của Nghị định 209/2013/NĐ-CP, được sửa đổi bởi khoản 3 Điều 1 Nghị định 49/2022/NĐ-CP, quy định về việc hoàn thuế giá trị gia tăng (GTGT) cho các dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh như sau:

Hoàn thuế giá trị gia tăng đối với dự án đầu tư

Cơ sở kinh doanh có thể được hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư nếu đáp ứng các điều kiện sau:

• Đăng ký kinh doanh và đăng ký nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ: Cơ sở kinh doanh phải đã thực hiện đăng ký kinh doanh và đăng ký nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ. Điều này bao gồm cả các cơ sở kinh doanh mới thành lập từ dự án đầu tư. Các dự án đầu tư này có thể là dự án mới hoặc dự án đã được chia thành nhiều giai đoạn hoặc nhiều hạng mục đầu tư khác nhau, được thực hiện tại cùng tỉnh, thành phố hoặc tại tỉnh, thành phố khác nơi cơ sở kinh doanh đặt trụ sở chính. Tuy nhiên, các dự án đầu tư xây dựng nhà để bán hoặc dự án đầu tư không hình thành tài sản cố định không thuộc phạm vi được hoàn thuế.
• Số thuế GTGT đầu vào lũy kế chưa khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên: Trong quá trình thực hiện dự án đầu tư, nếu số thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ phát sinh trong giai đoạn đầu tư lũy kế chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên, thì cơ sở kinh doanh có thể được hoàn thuế GTGT. Để làm điều này, cơ sở kinh doanh phải thực hiện kê khai thuế GTGT riêng cho dự án đầu tư và bù trừ số thuế GTGT đầu vào của dự án này với số thuế GTGT phải nộp của các hoạt động sản xuất kinh doanh khác (nếu có). Sau khi bù trừ, nếu số thuế GTGT đầu vào lũy kế vẫn chưa được khấu trừ hết và đạt từ 300 triệu đồng trở lên, cơ sở sẽ được hoàn thuế.
• Thực hiện kiểm tra và thanh tra: Trong trường hợp dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh đã được cơ quan nhà nước có thẩm quyền tiến hành thanh tra, kiểm tra hoặc kiểm toán, cơ quan thuế có thể dựa vào kết quả này để quyết định việc hoàn thuế GTGT.

Ngoài ra, đối với các dự án đầu tư thuộc ngành, nghề kinh doanh có điều kiện, cơ sở kinh doanh vẫn có thể được hoàn thuế GTGT nếu đáp ứng các điều kiện tương tự như trên.

Kết luận: Để được hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư, cơ sở kinh doanh cần đảm bảo rằng dự án đầu tư đã được đăng ký kinh doanh, đăng ký nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ, và có số thuế GTGT đầu vào chưa khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên. Cơ sở cũng phải kê khai riêng thuế GTGT cho dự án đầu tư và tuân thủ các quy định về kiểm tra, thanh tra nếu có.

2. Trường hợp nào dự án đầu tư không được hoàn thuế GTGT?

Theo quy định tại khoản 1 Điều 13 của Luật Thuế giá trị gia tăng năm 2008, được sửa đổi và bổ sung bởi khoản 3 Điều 1 của Luật Thuế sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Thuế giá trị gia tăng, Luật Thuế tiêu thụ đặc biệt và Luật Quản lý thuế năm 2016, có một số trường hợp cụ thể liên quan đến việc hoàn thuế giá trị gia tăng như sau:

Các trường hợp hoàn thuế giá trị gia tăng

1. Đối với các cơ sở kinh doanh áp dụng phương pháp khấu trừ thuế, nếu số thuế giá trị gia tăng đầu vào trong tháng hoặc quý chưa được khấu trừ hết, thì số thuế này sẽ được khấu trừ vào kỳ tính thuế tiếp theo. Điều này đảm bảo rằng các khoản thuế chưa khấu trừ sẽ không bị lãng phí mà được chuyển sang kỳ sau để tiếp tục khấu trừ.

Tuy nhiên, theo quy định của pháp luật về đầu tư, có những trường hợp mà cơ sở kinh doanh không được hoàn thuế giá trị gia tăng mà chỉ được kết chuyển số thuế chưa được khấu trừ sang kỳ tiếp theo. Những trường hợp này bao gồm:

a) Dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh không góp đủ số vốn điều lệ như đã đăng ký: Nếu một doanh nghiệp không thực hiện đúng cam kết về việc góp đủ số vốn điều lệ đã đăng ký, thì doanh nghiệp đó sẽ không được hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư đó. Điều này nhằm đảm bảo tính minh bạch và trách nhiệm của doanh nghiệp trong việc thực hiện cam kết tài chính.

b) Kinh doanh ngành, nghề đầu tư có điều kiện mà chưa đáp ứng đủ các điều kiện theo quy định của Luật Đầu tư: Trong trường hợp doanh nghiệp tham gia vào các ngành nghề kinh doanh có điều kiện mà chưa đủ điều kiện theo quy định của pháp luật, hoặc không duy trì được các điều kiện kinh doanh trong suốt quá trình hoạt động, doanh nghiệp cũng không được hoàn thuế GTGT cho các dự án đầu tư liên quan.

c) Dự án đầu tư khai thác tài nguyên, khoáng sản được cấp phép từ ngày 01/7/2016: Đối với các dự án đầu tư vào lĩnh vực khai thác tài nguyên và khoáng sản được cấp phép từ sau ngày 01/7/2016, doanh nghiệp sẽ không được hoàn thuế GTGT mà chỉ được kết chuyển số thuế chưa khấu trừ sang kỳ tính thuế tiếp theo.

d) Dự án đầu tư sản xuất sản phẩm hàng hóa có chi phí tài nguyên, khoáng sản và năng lượng chiếm tỷ lệ cao: Cụ thể, đối với các dự án sản xuất mà trong đó, tổng giá trị của tài nguyên, khoáng sản cùng với chi phí năng lượng chiếm từ 51% giá thành sản phẩm trở lên, doanh nghiệp cũng sẽ không được hoàn thuế GTGT mà chỉ được kết chuyển số thuế chưa khấu trừ sang kỳ tính thuế tiếp theo.

Kết luận: Với những quy định trên, có thể thấy rằng việc hoàn thuế giá trị gia tăng đối với các dự án đầu tư không chỉ phụ thuộc vào việc nộp thuế mà còn phải tuân thủ nghiêm ngặt các quy định về vốn đầu tư, điều kiện kinh doanh và lĩnh vực đầu tư cụ thể. Trong những trường hợp không đáp ứng các điều kiện này, số thuế giá trị gia tăng chưa khấu trừ sẽ được kết chuyển sang kỳ tính thuế tiếp theo thay vì được hoàn lại ngay.

3. Hướng dẫn hoàn thuế dự án đầu tư đã phát sinh doanh thu

Theo nội dung Công văn số 4261/TCT-KK ban hành năm 2018, việc kê khai và hoàn thuế giá trị gia tăng (GTGT) đối với các dự án đầu tư được quy định cụ thể như sau:

Căn cứ vào các hướng dẫn từ công văn và hồ sơ mà Công ty đã cung cấp, trường hợp dự án đầu tư “Khu du lịch văn hóa tâm linh Bà Chúa Xứ - Cáp Treo Núi Sâm” do Công ty trực tiếp quản lý và đã được cơ quan có thẩm quyền phê duyệt theo quy định của pháp luật về đầu tư, Công ty đã thành lập Công ty TNHH MGA chi nhánh An Giang (gọi tắt là Chi nhánh) tại tỉnh An Giang nhằm mục đích bàn giao dự án này cho Chi nhánh quản lý sau khi hoàn thành và đi vào hoạt động.

Trường hợp dự án đầu tư chia thành nhiều giai đoạn và hạng mục đầu tư:

• Đối với những hạng mục đầu tư đã hoàn thành và phát sinh doanh thu, Công ty sẽ không được hoàn thuế GTGT đầu vào phát sinh sau thời điểm phát sinh doanh thu. Tuy nhiên, nếu số thuế GTGT đầu vào phát sinh trước thời điểm phát sinh doanh thu đáp ứng đủ các điều kiện khấu trừ và quy định tại Khoản 3 Thông tư số 130/2016/TT-BTC ngày 12/8/2016 của Bộ Tài chính, thì số thuế này sẽ được xem xét để hoàn thuế. Công ty sẽ bàn giao số thuế GTGT đầu vào chưa được hoàn và số thuế GTGT đầu ra liên quan đến các hạng mục đầu tư đã phát sinh doanh thu cho Chi nhánh để kê khai trên tờ khai mẫu 01/GTGT, nộp cho cơ quan thuế quản lý trực tiếp tại địa phương phát sinh doanh thu (Chi cục Thuế thành phố Châu Đốc, tỉnh An Giang).
• Đối với những hạng mục đầu tư còn đang trong giai đoạn đầu tư, Công ty tiếp tục kê khai số thuế GTGT đầu vào của dự án trên tờ khai thuế GTGT mẫu 02/GTGT và thực hiện bù trừ với việc kê khai thuế GTGT của các hoạt động sản xuất kinh doanh khác đang thực hiện trên tờ khai mẫu 01/GTGT. Trường hợp sau khi bù trừ mà số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư vẫn chưa được khấu trừ hết, Công ty có thể đề nghị cơ quan thuế quản lý trực tiếp (Cục Thuế thành phố Hồ Chí Minh) giải quyết hoàn thuế theo quy định tại Khoản 3 Điều 1 Thông tư số 130/2016/TT-BTC.

Trường hợp dự án đầu tư không chia giai đoạn và hạng mục đầu tư:

• Khi dự án đầu tư đã hoàn thành và phát sinh doanh thu, Công ty sẽ không được hoàn thuế GTGT đầu vào của dự án phát sinh sau thời điểm phát sinh doanh thu. Tuy nhiên, đối với số thuế GTGT đầu vào phát sinh trước thời điểm phát sinh doanh thu, nếu đáp ứng các điều kiện khấu trừ theo quy định tại Khoản 3 Thông tư số 130/2016/TT-BTC, số thuế này sẽ được xem xét để hoàn thuế. Công ty sẽ bàn giao số thuế GTGT đầu vào chưa được hoàn và số thuế GTGT đầu ra của dự án đầu tư cho Chi nhánh để kê khai trên tờ khai mẫu 01/GTGT tại cơ quan thuế quản lý trực tiếp Chi nhánh tại địa bàn phát sinh doanh thu (Chi cục Thuế thành phố Châu Đốc, tỉnh An Giang).

Tóm lại, thông qua hướng dẫn của Công văn này, có thể hiểu rằng đối với các dự án đầu tư đã phát sinh doanh thu, việc hoàn thuế GTGT sẽ được xác định dựa trên việc phân chia giai đoạn đầu tư và thời điểm phát sinh doanh thu. Những hạng mục đầu tư đã hoàn thành và phát sinh doanh thu sẽ không được hoàn thuế GTGT cho các chi phí phát sinh sau thời điểm này, trừ khi đáp ứng đủ điều kiện để được hoàn thuế theo quy định của pháp luật.