Thủ tục công nhận, gia hạn, tạm đình chỉ, đình chỉ áp dụng chế độ ưu tiên

1.Chế độ ưu tiên doanh nghiệp 

Ngoài việc điều chỉnh, dẫn chiếu bổ sung về hồ sơ hoàn thuế theo Nghị định 134/2016/NĐ-CP, thủ tục nộp, tiếp nhận, xử lý hồ sơ hoàn thuế theo Nghị định số 134/2016/NĐ-CP; Thông tư 38/2015/TT-BTC ngày 25/3/2015; Thông tư 39/2018/TT-BTC ngày 20/4/2018 của Bộ Tài chính thì các nội dung ưu tiên cơ bản không thay đổi so với Thông tư 72/2015/TT-BTC. Theo đó: Được nhận quyết định hoàn thuế trong vòng không quá 1 (một) ngày làm việc kể từ khi hải quan nhận được hồ sơ hợp lệ của doanh nghiệp. Được nộp thuế sau cho các lô hàng đã thông quan vào tháng trước (chậm nhất vào ngày thứ 10 của tháng kế tiếp). Được ưu tiên về các thủ tục về thuế đối với hàng hóa xuất khẩu nhập khẩu theo quy định của pháp luật về thuế.

Về thủ tục hải quan, ngoài việc ưu tiên về thứ tự làm thủ tục hải quan, Thông tư sửa đổi còn bổ sung làm rõ ưu tiên về kiểm tra, giám sát, giao nhận trước của hải quan và doanh nghiệp cảng. Thông tư bổ sung thêm trách nhiệm của cơ quan hải quan là Thông báo và cập nhật danh sách doanh nghiệp ưu tiên và phối hợp với các doanh nghiệp cảng, kho bãi để thực hiện chế độ ưu tiên cho doanh nghiệp.

Căn cứ theo điều 9 Nghị định 08/2015 quy định :

Điều 9. Chế độ ưu tiên

1. Chế độ ưu tiên thực hiện theo quy định tại Điều 43 Luật Hải quan.

2. Được cơ quan hải quan và các cơ quan kinh doanh cảng, kho bãi ưu tiên làm thủ tục giao nhận hàng hóa trước, ưu tiên kiểm tra giám sát trước.

3. Trường hợp hàng hóa phải kiểm tra chuyên ngành, doanh nghiệp được đưa hàng hóa nhập khẩu về kho của doanh nghiệp để bảo quản trong khi chờ kết quả kiểm tra chuyên ngành, trừ trường hợp pháp luật kiểm tra chuyên ngành có quy định hàng hóa phải kiểm tra tại cửa khẩu. Trường hợp hàng hóa phải kiểm tra chuyên ngành tại cửa khẩu thì được ưu tiên kiểm tra trước.

Điều 43. Chế độ ưu tiên đối với doanh nghiệp

1. Miễn kiểm tra chứng từ liên quan thuộc hồ sơ hải quan, miễn kiểm tra thực tế hàng hóa trong quá trình thực hiện thủ tục hải quan, trừ trường hợp có dấu hiệu vi phạm pháp luật hoặc kiểm tra ngẫu nhiên để đánh giá sự tuân thủ pháp luật.

2. Được làm thủ tục hải quan bằng tờ khai hải quan chưa hoàn chỉnh hoặc chứng từ thay thế tờ khai hải quan. Trong thời hạn 30 ngày kể từ ngày đăng ký tờ khai hải quan chưa hoàn chỉnh hoặc kể từ ngày nộp chứng từ thay thế tờ khai hải quan, người khai hải quan phải nộp tờ khai hải quan hoàn chỉnh và các chứng từ liên quan thuộc hồ sơ hải quan.

3. Được ưu tiên khi thực hiện thủ tục về thuế đối với hàng hóa theo quy định của pháp luật về thuế.

2. Quy định của pháp luật về điều kiện áp dụng chế độ ưu tiên

Căn cứ theo điều 42 Luật Hải quan 2014 quy định như sau:

Điều 42. Điều kiện áp dụng chế độ ưu tiên

1. Doanh nghiệp được áp dụng chế độ ưu tiên khi đáp ứng đủ các điều kiện sau đây:

a) Tuân thủ pháp luật về hải quan, pháp luật về thuế trong 02 năm liên tục;

b) Có kim ngạch xuất khẩu, nhập khẩu hàng năm đạt mức quy định;

c) Thực hiện thủ tục hải quan điện tử, thủ tục thuế điện tử; có chương trình công nghệ thông tin quản lý hoạt động xuất khẩu, nhập khẩu của doanh nghiệp nối mạng với cơ quan hải quan;

d) Thực hiện thanh toán qua ngân hàng;

đ) Có hệ thống kiểm soát nội bộ;

e) Chấp hành tốt quy định của pháp luật về kế toán, kiểm toán.

2. Doanh nghiệp ưu tiên thuộc quốc gia, vùng lãnh thổ có ký thỏa thuận công nhận lẫn nhau về doanh nghiệp ưu tiên với Việt Nam được áp dụng chế độ ưu tiên theo quy định của Luật này.

3. Chính phủ quy định chi tiết điều kiện, thủ tục công nhận, gia hạn, tạm đình chỉ, đình chỉ, chế độ ưu tiên, việc quản lý đối với doanh nghiệp được áp dụng chế độ ưu tiên.

Bên cạnh đó điều kiện để được áp dụng chế độ ưu tiên được quy định theo điều 10 Nghị định 08/2015 N Đ- Cp qu định :

Điều 10. Điều kiện để được áp dụng chế độ ưu tiên

1. Tuân thủ pháp luật về hải quan, pháp luật về thuế

Trong thời hạn 02 năm liên tục tính đến thời điểm doanh nghiệp nộp văn bản đề nghị công nhận doanh nghiệp ưu tiên, doanh nghiệp không vi phạm các quy định của pháp luật về thuế, hải quan tới mức bị xử lý vi phạm về các hành vi sau:

a) Các hành vi trốn thuế; gian lận thuế; buôn lậu và vận chuyển trái phép hàng hóa qua biên giới;

b) Các hành vi vi phạm hành chính có hình thức, mức xử phạt vượt thẩm quyền Chi cục trưởng Chi cục Hải quan và các chức danh tương đương.

2. Điều kiện về chấp hành tốt pháp luật về kế toán, kiểm toán:

a) Áp dụng các chuẩn mực kế toán theo quy định của Bộ Tài chính;

b) Báo cáo tài chính hàng năm phải được kiểm toán bởi công ty kiểm toán đủ điều kiện kinh doanh dịch vụ kiểm toán theo quy định của pháp luật về kiểm toán độc lập. Ý kiến kiểm toán về báo cáo tài chính nêu trong báo cáo kiểm toán phải là ý kiến chấp nhận toàn phần theo chuẩn mực kiểm toán Việt Nam.

3. Điều kiện về hệ thống kiểm soát nội bộ:

Doanh nghiệp phải thực hiện và duy trì hệ thống, quy trình quản lý, giám sát, kiểm soát vận hành thực tế trong toàn bộ dây chuyền cung ứng hàng hóa xuất, nhập khẩu của mình.

4. Điều kiện về kim ngạch xuất khẩu, nhập khẩu:

a) Doanh nghiệp xuất khẩu, nhập khẩu đạt kim ngạch 100 triệu USD/năm;

b) Doanh nghiệp xuất khẩu hàng hóa sản xuất tại Việt Nam đạt kim ngạch 40 triệu USD/năm;

c) Doanh nghiệp xuất khẩu hàng hóa là nông sản, thủy sản sản xuất hoặc nuôi, trồng tại Việt Nam đạt kim ngạch 30 triệu USD/năm;

d) Đại lý thủ tục hải quan: số tờ khai làm thủ tục hải quan trong năm đạt 20.000 tờ khai/năm.

Kim ngạch xuất khẩu, nhập khẩu quy định tại điểm a, điểm b, điểm c, Điểm d Khoản này là kim ngạch bình quân trong 02 năm liên tiếp tính đến ngày doanh nghiệp có văn bản đề nghị xem xét, không bao gồm kim ngạch xuất khẩu, nhập khẩu ủy thác.

5. Không áp dụng điều kiện kim ngạch xuất khẩu, nhập khẩu quy định tại Khoản 4 Điều này đối với doanh nghiệp được Bộ Khoa học và Công nghệ cấp giấy chứng nhận là doanh nghiệp công nghệ cao theo quy định của Luật Công nghệ cao.

6. Bộ Tài chính xem xét áp dụng chế độ ưu tiên theo quy định tại Điều 9 Nghị định này đối với hàng hóa nhập khẩu để thực hiện dự án đầu tư trọng điểm được Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo trước khi cấp phép đầu tư đang trong giai đoạn xây dựng cơ bản.

3. Trách nhiệm của cơ quan hải quan trong việc thực hiện chế độ ưu tiên

Điều 44. Trách nhiệm của cơ quan hải quan trong việc thực hiện chế độ ưu tiên

1. Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan xét, công nhận, gia hạn, tạm đình chỉ, đình chỉ việc áp dụng chế độ ưu tiên cho doanh nghiệp.

2. Cơ quan hải quan các cấp có trách nhiệm:

a) Kiểm tra, giám sát, đánh giá sự tuân thủ pháp luật của doanh nghiệp;

b) Hướng dẫn doanh nghiệp về chính sách, quy định của pháp luật về thuế và hải quan.

4.  Trách nhiệm của doanh nghiệp được áp dụng chế độ ưu tiên

Điều 45. Trách nhiệm của doanh nghiệp được áp dụng chế độ ưu tiên

1. Định kỳ hàng năm cung cấp cho cơ quan hải quan báo cáo kiểm toán, báo cáo tài chính.

2. Chấp hành các quy định về kiểm tra, giám sát của cơ quan hải quan.

3. Thông báo cho cơ quan hải quan quyết định xử lý vi phạm pháp luật về thuế, kế toán của cơ quan có thẩm quyền đối với doanh nghiệp.

5. Thủ tục công nhận, gia hạn, tạm đình chỉ, đình chỉ áp dụng chế độ ưu tiên

Căn cứ theo nghị định 08/2015 quy định như sau :

Điều 11. Thủ tục công nhận, gia hạn, tạm đình chỉ, đình chỉ áp dụng chế độ ưu tiên

1. Hồ sơ đề nghị công nhận doanh nghiệp ưu tiên gồm:

a) Văn bản đề nghị theo mẫu do Bộ Tài chính ban hành: 01 bản chính;

b) Báo cáo tình hình, thống kê số liệu xuất khẩu, nhập khẩu của doanh nghiệp trong 02 năm gần nhất theo mẫu do Bộ Tài chính ban hành: 01 bản chính;

c) Báo cáo chấp hành pháp luật về hải quan, pháp luật về thuế, pháp luật về kế toán trong 02 năm gần nhất theo mẫu do Bộ Tài chính ban hành: 01 bản chính;

d) Báo cáo tài chính đã được kiểm toán trong 02 năm gần nhất: 01 bản chụp;

đ) Báo cáo kiểm toán trong 02 năm gần nhất: 01 bản chụp;

e) Bản kết luận thanh tra trong 02 năm gần nhất (nếu có): 01 bản chụp;

g) Bản mô tả hệ thống kiểm soát nội bộ của doanh nghiệp trong đó mô tả đầy đủ quy trình quản lý, giám sát, kiểm soát vận hành thực tế trong toàn bộ dây chuyền cung ứng hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu của doanh nghiệp: 01 bản chụp;

h) Các giấy chứng nhận khen thưởng, chứng chỉ chất lượng (nếu có): 01 bản chụp.

2. Thẩm định, công nhận doanh nghiệp ưu tiên

a) Trong thời hạn 30 ngày kể từ ngày nhận đủ hồ sơ theo quy định tại Khoản 1 Điều này, Tổng cục Hải quan thẩm định, kết luận về việc công nhận doanh nghiệp ưu tiên.

Đối với các trường hợp phức tạp, cần lấy ý kiến các Bộ, ngành liên quan thì thời gian thẩm định có thể được kéo dài nhưng không quá 30 ngày;

b) Trường hợp doanh nghiệp đủ điều kiện, Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan ra quyết định công nhận doanh nghiệp ưu tiên.

Quyết định công nhận doanh nghiệp ưu tiên có hiệu lực trong thời hạn 03 năm kể từ ngày ban hành quyết định và tự động gia hạn thêm 03 năm tiếp theo nếu doanh nghiệp vẫn đáp ứng đầy đủ các điều kiện theo quy định.

3. Tạm đình chỉ áp dụng chế độ ưu tiên: Trường hợp doanh nghiệp chưa thực hiện trách nhiệm theo quy định tại Điều 45 Luật Hải quan khi đã được cơ quan hải quan thông báo thì cơ quan hải quan tạm đình chỉ áp dụng chế độ ưu tiên trong thời hạn 60 ngày.

4. Đình chỉ áp dụng chế độ ưu tiên

Doanh nghiệp bị đình chỉ áp dụng chế độ ưu tiên trong các trường hợp sau:

a) Doanh nghiệp không còn đáp ứng một trong các điều kiện để áp dụng chế độ ưu tiên theo quy định tại Điều 10 Nghị định này;

b) Hết thời hạn tạm đình chỉ áp dụng chế độ ưu tiên mà doanh nghiệp không thực hiện các quy định tại Điều 45 Luật Hải quan;

c) Doanh nghiệp đề nghị dừng áp dụng chế độ ưu tiên.

Trường hợp doanh nghiệp đã bị đình chỉ áp dụng chế độ ưu tiên thì trong 02 năm tiếp theo, doanh nghiệp không được Tổng cục Hải quan xem xét, công nhận doanh nghiệp ưu tiên.

Điều 12. Quản lý doanh nghiệp ưu tiên

1. Trách nhiệm của cơ quan hải quan trong việc thực hiện chế độ ưu tiên:

a) Theo dõi, thu thập, phân tích tình hình hoạt động của doanh nghiệp để hướng dẫn doanh nghiệp nâng cao năng lực tuân thủ pháp luật, phát hiện sớm các sai sót để kịp thời khắc phục và duy trì các điều kiện áp dụng chế độ ưu tiên;

b) Phối hợp với doanh nghiệp xử lý ngay các vấn đề vướng mắc phát sinh;

c) Phối hợp với các cơ quan kinh doanh cảng, kho bãi ưu tiên làm thủ tục giao nhận hàng hóa, kiểm tra giám sát trước cho doanh nghiệp ưu tiên.

2. Trách nhiệm của doanh nghiệp được áp dụng chế độ ưu tiên:

a) Tuân thủ tốt pháp luật hải quan, pháp luật thuế, chấp hành tốt pháp luật về kế toán, kiểm toán;

b) Thực hiện chế độ báo cáo theo quy định tại Khoản 1, Khoản 3 Điều 45 Luật Hải quan;

c) Thực hiện việc trao đổi thông tin với cơ quan hải quan để báo cáo những vướng mắc phát sinh (nếu có), vấn đề liên quan đến việc duy trì các điều kiện áp dụng chế độ ưu tiên;

d) Thực hiện việc rà soát, tự kiểm tra, phát hiện, khắc phục sai sót và báo cáo cơ quan hải quan về những sai sót đã phát hiện, khắc phục.